Das Personal der Universität Basel ist seit 2008 gemäss Festlegungen des Staatsvertrags über die gemeinsame Trägerschaft in zwei Vorsorgewerken bei der Pensionskasse Basel-Stadt (PKBS) und bei der Basellandschaftlichen Pensionskasse (BLPK) versichert. Die Vorsorgewerke der Universität wurden bei deren Ausgliederung vom Kanton Basel-Stadt zwar ausfinanziert, aber nicht mit einer Schwankungsreserve ausgestattet. Wie bei den Vorsorgewerken der jeweiligen Kantonsangestellten sind auch bei den Anschlussverträgen der Universität bei der PKBS und der BLPK die Deckungsgrade seit dem Jahr 2008 aufgrund der Finanzkrise erheblich gesunken. Sie betrugen im 3. Quartal 2011 noch 86 % (PKBS) bzw. 94 % (BLPK). Die Unterdeckung der universitären Vorsorgewerke betrug zu diesem Zeitpunkt insgesamt knapp 100 Mio. Franken.

Die Universität hat ein Sanierungskonzept entwickelt, um die gesetzlich verlangte Sanierung durchzuführen. In Anlehnung an die bereits 2010 beschlossenen Massnahmen für das Staatspersonal Basel-Stadt gelangt eine indirekte Sanierung zur Anwendung. Die Versicherten der Universität und die Arbeitgeberin finanzieren die Sanierung je zur Hälfte. Die Arbeitgeberseite – finanziert durch die Trägerkantone – leistet eine Einmaleinlage. Die Versicherten amortisieren ihren Anteil an der Sanierung während rund zwölf Jahren über Lohnmassnahmen sowie über eine Reduktion des Teuerungsausgleichs auf den Renten.

Der Anteil des Kantons Basel-Landschaft an der Sanierung beträgt gemäss Trägerquote für die Universität rund 24,75 Mio. Franken (50.2 % des Arbeitgeberanteils), derjenige des Kantons Basel-Stadt rund 24,55 Mio. Franken (49.8 % des Arbeitgeberanteils). In beiden Kantonen wurden bereits in früheren Jahren Rückstellungen für die Sanierung getätigt. Die Massnahmen sollen im Jahr 2012 einsetzen, und zwar im Zeitpunkt der Kreditgenehmigung durch die Parlamente.