Die Besucher erwartet ein Dreiklang von mittelalterlicher Geisteskultur, Kunst und Architektur. Den Auftakt macht am 13. Januar die Museumsnacht, in der unter anderem die Münsterbauhütte Einblick in ihre Arbeit gibt. Bis Ende Jahr folgen regelmässig Führungen durch die Dauerausstellung (Münsterskulpturen und Klostergeschichte) und den Klostergarten des Museums sowie durch das Gebäude Kleines Klingental. Neben zwei Rundgängen im Basler Münster findet zudem in Zusammenarbeit mit dem Historischen Museum eine Führung in der Barfüsserkirche statt. Einen Höhepunkt bildet das Theaterstück von Satu Blanc über die letzte Äbtissin des Klingentalklosters, welches das Publikum an neun Abenden im Oktober in die Zeit der Reformation entführt.

Drei Sonderausstellungen ermöglichen einen vertieften Einblick in die Kunst- und Architekturgeschichte Basels: Die noch bis April laufende Ausstellung „Himmelstür“ thematisiert das gotische Hauptportal des Münsters. In der Ausstellung „Die Kaserne in Basel“ (Mai bis Oktober) wird Johann Jakob Stehlins Stadtkrone am Rhein ins Zentrum gerückt. Die Ausstellung „Der Basler Glasmaler Gian Casty“ schliesslich würdigt die farbenprächtigen Glasgemälde Castys aus der Nachkriegszeit (ab November).