Die Herkunft ist entscheidend dafür, wie gut Pflanzen mit unserem Klima zurechtkommen. Stammen sie aus dem Mittelland oder dem nördlichen Jura, sind sie an unsere Bodenverhältnisse gewohnt und überdauern die Winter problemlos.
 

Insbesondere unsere einheimischen Bäume und Feldgehölze nehmen eine zentrale Rolle in unseren Ökosystemen wahr. Durch ihr nahezu flächendeckendes Vorkommen leisten sie einen wertvollen Beitrag zum Erhalt und zur Förderung der Biodiversität.  

Die Oberflächengewässer im Kanton Basel-Stadt umfassen stehende Gewässer (Weiher) und Fliessgewässer (Bäche, Flüsse, Quellen). Zu Letzteren gehören auch die künstlich angelegten Gewerbekanäle, die sogenannten «Tyche» (St. Alban-Teich, Riehenteich etc.), sowie ehemals zur Bewässerung dienende Wassergräben und eingedolte Bäche, welche unter die Oberfläche verlegt wurden. Für ihren Schutz ist das Amt für Umwelt und Energie (AUE) zuständig.

Durch seine Lage am Südrand der Oberrheinischen Tiefebene verfügt Basel über ein ausgeprägt trockenwarmes Klima. Dieses gesamte Gebiet besteht in weiten Teilen aus stark wasserdurchlässigen Schotterböden. Daraus resultieren magere Standorte mit speziellen Artengemeinschaften, die hierzulande zum Teil einzigartig sind. So kommen zum Beispiel die Hornkraut-Trespen-Trockenrasen nur in der Nord- und Nordwestschweiz vor.

Bahnareale gehören zu den wichtigsten städtischen Ersatzlebensräumen für wärme- und trockenheitsliebende Tier- und Pflanzenarten. Dafür verantwortlich sind einerseits das lokale Klima und andererseits die Eisenbahnschotter. Letztere sind sehr wasserdurchlässig und nährstoffarm und heizen sich tagsüber stark in der Sonne auf. Damit bieten sie ideale Bedingungen für kleinwüchsige Frühjahrsannuelle wie Sand-Mohn, Niedriges Hornkraut, Früher Ehrenpreis, aber auch für einwandernde Neuankömmlinge, sogenannte Neophyten. Bezüglich Fauna sind sie besonders für Heuschrecken und Reptilien attraktiv. 

Da die Ufer des Rheins weitgehend verbaut wurden, bilden Eisenbahngelände wichtige Biotopverbundsachsen, denn sie bieten die Möglichkeit für den notwendigen genetischen Austausch zwischen den einzelnen Populationen. 

In einem dicht besiedelten Gebiet wie dem Kanton Basel-Stadt hat der Wald ganz unterschiedliche Funktionen zu erfüllen. Auf der einen Seite ist er Lebensraum für viele Tier- und Pflanzenarten, weshalb ihm eine zentrale Rolle beim Erhalt und der Förderung der biologischen Vielfalt zukommt. Das macht ihn für den Natur- und Landschaftsschutz sowie den Biotopverbund sehr wichtig. Auf der anderen Seite haben die siedlungsnahen Wälder in und um Basel eine hohe Bedeutung als Naherholungsgebiete und für die Sicherung der Trinkwasservorkommen. Und zu guter Letzt gilt der Wald mit seinem Holz als wertvoller Rohstofflieferant. Für seinen Unterhalt ist jedoch nicht die Stadtgärtnerei zuständig, sondern das Amt für Wald beider Basel, das vier Forstkreise sowie 24 Forstreviere umfasst.

Auch in Landwirtschaftsgebieten spielen die Biodiversität und die Vernetzung von Lebensräumen eine grosse Rolle. Für sogenannte Biodiversitätsförderflächen (BFF) werden Beiträge ausgerichtet, sofern sie nach den Vorgaben eines vom Kanton genehmigten, regionalen Vernetzungsprojektes angelegt und bewirtschaftet werden. Weitere Informationen dazu erteilt das Amt für Umwelt und Energie (AUE).

Wildtiere sind wegen der weit verbreiteten Zerschneidung ihrer Lebensräume in ihrem natürlichen Verhalten stark eingeschränkt. Neben Hindernissen wie Strassen und bebauten Flächen erschweren gerodete Kulturlandschaften ihre Bewegungen. Für die Ausbreitung und den Austausch der Populationen sind sie deshalb darauf angewiesen, dass Schlüsselstellen weiterhin passierbar sind. Daher wurden die Wildtierkorridore im Kanton Basel-Stadt systematisch erfasst und beurteilt. Damit sie bei künftigen Bauprojekten sowie in der Nutzungsplanung als behördenverbindlich gelten, wurden sie ausserdem in den kantonalen Richtplan aufgenommen.