Unter den schützenswerten Naturobjekten befinden sich auch Amphibienlaichgebiete und Trockenwiesen und –weiden von nationaler Bedeutung. Diese wurden teils bereits im Jahr 1984 durch den Basler-Naturatlas erfasst und im Jahr 2011 durch das Kantonale Inventar der schützenswerten Naturobjekte (Naturinventar Basel-Stadt) ergänzt und aktualisiert. 

Die Bundesverfassung und die eidgenössische und kantonale Gesetzgebung beauftragen den Kanton, die besonders wertvollen Naturobjekte nachhaltig zu schützen. Die Stadtgärtnerei Basel will deshalb jene Naturobjekte, die für den Erhalt der Biodiversität eine wichtige Rolle spielen, schützen und in das Kantonale Inventar der geschützten Naturobjekte aufnehmen. So wollen wir den Lebensraum für viele seltene und gefährdete Tier- und Pflanzenarten erhalten, um sich auch in Zukunft daran erfreuen zu können.

Das Amphibienlaichgebiet Weilmatten wurde durch den Regierungsrat per 18. April 2020 unter Schutz gestellt und in das Inventar der geschützten Naturobjekte aufgenommen. Es befindet sich am rechten Ufer der Wiese zwischen der Wiesedamm-Promenade und der Landesgrenze. 

Auf dem Areal der ehemaligen Gärtnerei wurde im Frühling 1997 von Pro Natura Basel eine ausgedehnte Kieslandschaft mit mehreren kleinen bis grossen Weihern angelegt. Diese ersetzten zwei Tümpel, die periodisch ausgetrocknet und von Amphibien als Laichgewässer genutzt worden waren. 

Anfang der 1980er Jahre kamen in den damals bestehenden Gewächshäusern grosse Populationen von Gelbbauchunken (Bombina variegata) und Kreuzkröten (Epidalea calamita) vor. Deren Bestände gingen jedoch sukzessive zurück. Durch die Erneuerung und Vergrösserung der Anlage hoffte man damals, dass sich diese beiden Arten am Standort erhalten und wieder vermehren können. Sie konnten jedoch im Rahmen der Erhebungen für das Inventar der schützenswerten Naturobjekte Basel-Stadt 2011 und 2025 nicht mehr nachgewiesen werden.
 

Das Gebiet ist jedoch Lebensraum für fünf weitere Amphibien, vier Reptilien, sowie Libellen, Tagfalter und Heuschrecken. Zudem wurden mehr als 60 Gefässpflanzen kartiert, von denen zehn in der Roten Liste Kanton Basel-Stadt als gefährdet oder stark gefährdet eingestuft sind. 

Das Parkwäldchen im Areal des Diakonats Bethesda mit Strauch- und Krautvegetation sowie Frühjahrsgeophyten wurde am 29. Januar 2002 durch den Regierungsrat des Kantons Basel-Stadt unter Schutz gestellt.

Das Wiesental verfügt über eine vielfältige Kulturlandschaft aus artenreichen Wiesen und Obstgärten, Wassergräben sowie Hecken- und Feldgehölzen. Der Landschaftspark Wiese ist nicht nur aus Naturschutzsicht, sondern auch für die Trinkwassergewinnung und die Naherholung von Bedeutung. Mit dem im Jahr 2001 in Kraft gesetzten Landschaftsrichtplan "Landschaftspark Wiese" haben sich Basel, Riehen und Weil am Rhein zum Ziel gesetzt, das Gebiet unter Berücksichtigung von Artenschutz, Landwirtschaft und Erholungsnutzung, etc. grenzüberschreitend und nachhaltig zu entwickeln.

Das Naturobjekt befindet sich östlich von Riehen im Autal nahe an der Grenze zur deutschen Nachbargemeinde Inzlingen. Die Weiheranlage In der Au ist 1979 durch die Gemeinde Riehen unter wissenschaftlicher Leitung von Professor Heinz Durrer angelegt und seither mehrmals erweitert worden. Die ursprünglichen Hauptziele waren neben dem Beitrag zum Naturschutz auch die Schaffung eines naturnahen Erholungsraums für die Riehener Bevölkerung sowie Aspekte der Umweltbildung.

Die Weiheranlage umfasst einen grösseren sowie mehrere kleinere künstliche Amphibienweiher, die teilweise mit natürlichen Materialien („Blauer Letten“) abgedichtet wurden. Wegen Wasserverlusten mussten später einige Weiher mit folienunterlegten Betonschalen und Bentonitmatten neu abgedichtet werden. Die Amphibienbestände wie auch ein Grossteil der in und an den Stehgewässern vorkommenden Pflanzenarten stammen ursprünglich aus dem Amphibienbiotop Eisweiher und wurden hier eingesetzt. Zu diesen angesiedelten Arten kamen im Laufe der Jahre viele weitere Arten hinzu. 

Das Feuchtbiotop hat sich so zu einem sehr wertvollen Lebensraum besonders für Amphibien entwickelt, der im Jahre 2001 aufgrund seines Artenreichtums und der grossen Erdkrötenpopulation in das Bundesinventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung (IANB) aufgenommen wurde. Damit trägt der Kanton Basel-Stadt eine hohe Verantwortung zum ungeschmälerten Schutz dieses Lebensraumes. 

Im Herbst 2020 wurde westlich der ursprünglich angelegten Weiher das Gebiet mit zwei neuen Laichgewässern erweitert und das Gebiet somit aufgewertet.

Für den Erhalt und die Förderung der bedeutenden Naturwerte wurde das Autal mit dem Beschluss des Regierungsrats vom 28. Juni 2022 in das Inventar der geschützten Naturobjekte des Kantons Basel-Stadt aufgenommen.

Das umliegende Gebiet des ehemaligen Eisweihers in Riehen ist der wichtigste Lebensraum für den Laubfrosch und für viele weitere gefährdete Tier- und Pflanzenarten im Kanton Basel-Stadt. Dieser Teil des Landschaftsparks Wiese ist unter Schutz. 

Der Regierungsrat hat am 5.9.2023 beschlossen, die vielfältigen Weiher und die umliegenden Wiesen und Waldflächen in das Inventar der geschützten Naturobjekte aufzunehmen. Das Naturschutzgebiet Eisweiher ist eines der grössten Naturschutzgebiete im Kanton Basel-Stadt.

Der Entenweiher ist die grösste stehende Wasserfläche des Kanton Basel-Stadt. Das Gebiet in den langen Erlen ist Lebensraum für zahlreiche seltene, gefährdete und geschützte Tier- und Pflanzenarten, der aufgrund seiner Lebensraum- und Artenvielfalt sowie der zentralen Funktion im Biotopverbund der Wieseebene regionale Bedeutung aufweist. 

Es umfasst die Teilgebiete Etzmatten und das OGB-Reservat. Ursprünglich als Eisweiher angelegt, diente die Weiheranlage später als Absatzbecken für die Trinkwassergewinnung.

Das Gebiet ist besonders wertvoll für eine Vielzahl von Wasservögeln sowie für einige seltene Orchideenarten. Auch für Libellen, Amphibien sowie diverse, teils gefährdete Wirbellose ist der Entenweiher wichtig. 

Um dieses Naturobjekt langfristig zu erhalten, hat der Regierungsrat am 20. Juni 2023 beschlossen, es in das Inventar der geschützten Naturobjekte des Kantons Basel-Stadt aufzunehmen.

Der Magerrasen der Uferböschung des St. Johann-Rheinwegs, vom Rheinbad
St. Johann abwärts bis zur Ueli-Fähre, ist Lebensraum des Erdbockkäfers und weiterer bedrohter Tiere und Pflanzen. Die Fläche ist aufgrund des Vorkommens des Erdbockkäfers von nationaler Bedeutung und wurde 1996 per Regierungsratsbeschluss in das Kantonale Inventar der geschützten Naturobjekte aufgenommen.

Der Erdbockkäfer war in den wärmeren Teilen der Schweizer Alpennordseite einst weit verbreitet. Gegenwärtig sind hierzulande nur noch vier Fundorte bekannt. Ende der achtziger Jahre wurde der Basler Erdbockkäferbestand anlässlich des Baus des St. Johanns-Parks und der Verschönerung des Rheinbords mit massiven Eingriffen in die Uferböschung merklich reduziert.

Die Larve des Käfers ernährt sich bis zu ihrer Verpuppung von den Wurzeln der Aufrechten Trespe, einer Grasart der Magerrasen. Der ausgewachsene Käfer ist nicht flugfähig und kann deshalb nicht weiter entfernte Standorte besiedeln.

Die Pflege der Böschung ist primär auf die Erhaltung der Erdbockkäfer-Population ausgerichtet: Die Aufrechte Trespe wird in ihrem Bestand gefördert, eine stärkere Beschattung und das Aufkommen von Gehölzen in der Böschung hingegen verhindert. Durchgeführt werden die Pflegemassnahmen von der Stadtgärtnerei. Trotz dieser Bemühungen mit einer angepassten Pflege, konnten in den letzten Jahren leider keine Tiere mehr nachgewiesen werden.

Das Naturschutzgebiet Rheinhalde ist ein im Osten der Stadt gelegener Uferhang. Es befindet sich auf der orographisch rechten Seite des Rheins. Das Schutzgebiet erstreckt sich von der Landesgrenze bei Grenzach-Whylen in einem schmalen, langgezogenen Streifen an der südlichen Grenze des Quartiers Hirzbrunnen bis hin zur Schwarzwaldbrücke.

Das Gebiet wurde am 12. Februar 1913 aufgrund eines thermophilen Vorkommens – also einer Wärme liebenden Flora und Fauna – unter Schutz gestellt. Es ist somit das älteste amtliche Naturschutzgebiet der Schweiz.

Im Gebiet wurden kurz nach der Unterschutzstellung 485 Pflanzenarten nachgewiesen. Heute sind im Inventar der schützenswerten Naturobjekte etwa 182 verschiedene Pflanzen- sowie 18 Molluskenarten kartiert. Weil immer mehr Sträucher und Bäume, darunter auch Neophyten wie der Götterbaum, den Boden verstärkt beschatten, wird den licht- und wärmebedürftigen Arten allmählich die Lebensgrundlage entzogen. Seit einigen Jahren führt die Stadtgärtnerei deshalb Pflegeeinsätze durch, um den Aufwuchs in gewissen Bereichen auszulichten.