Das Generalsekretariat stellt die Geschäftsabwicklung des Departements mit dem Regierungsrat, dem Grossen Rat und seinen Kommissionen, den weiteren kantonalen Verwaltungsstellen und mit Dritten sicher.

Departementsintern sorgt das Generalsekretariat für koordinierte und zielgerichtete Abläufe. Mit den zentralen Stabsdienstleistungen in den Bereichen HR & Services, Recht und Politikvorbereitung unterstützt es die Dienststellen des Departements.

Leitung Generalsekretariat: Dorothee Frei Hasler
Co-Leitung HR & Services: Peter Zeller und Sibylle Blum
Leitung Rechtsdienst: Ramon Inglese

Die Stabsstelle Gesundheitsbeteiligungen und Finanzen erbringt zentrale Dienstleistungen für den Departementsstab und die Dienststellen in den Bereichen Finanzen und Controlling, Informatik und Records Management sowie Baukoordination. 

Im Rahmen des Beteiligungsmanagements vertritt sie die Eigentümerinteressen gegenüber den verselbstständigten öffentlichen Spitälern des Kantons: Universitätsspital Basel (USB), Universitäre Altersmedizin Felix Platter (UAFP, vormals Felix Platter-Spital), Universitäre Psychiatrische Kliniken Basel (UPK), Universitäts-Kinderspital beider Basel (UKBB) sowie Universitäres Zentrum für Zahnmedizin Basel (UZB). Sie nimmt die Aufgaben der gesetzlichen Aufsicht und gemäss den Public Corporate Governance-Richtlinien und das entsprechende Beteiligungscontrolling wahr. 

Leitung Gesundheitsbeteiligungen und Finanzen: Armin Ming

Die Stabsstelle Kommunikation nimmt die kommunikative Begleitung der Departementsgeschäfte wahr und vertritt das Departement in den Medien.

Leitung Kommunikation und Mediensprecherin des Gesundheitsdepartementes: 
Anne Tschudin