1849 wurde das vom Architekten Melchior Berri errichtete Gebäude an der Augustinergasse feierlich eingeweiht. Damals beherbergte das Haus alle Sammlungen des Kantons. Heute bietet es noch dem Naturhistorischen Museum und einem kleinen Teil des Museums der Kulturen Unterkunft. Für das Jubiläumsjahr 1999 hat das Naturhistorische Museum ein Programm bereitgestellt, das sich vorwiegend an das regionale Publikum richtet, daneben aber auch ein internationales Fachpublikum anspricht.

Mit der Ausstellung der Pläne Melchior Berris und einer Vortragsreihe über C.F. Schönbein, der sich massgeblich um die Erstellung des Museums bemühte, wird der historische Hintergrund des Jubiläums beleuchtet. Die Durchführung der Vortragsreihe erfolgt in Zusammenarbeit mit dem C.F. Schönbein-Verein, der im gleichen Jahr den 200. Geburtstag Schönbeins feiert.

Ein weit über das Jubiläum hinaus wirkendes Projekt bildet die Erneuerung der Dauerausstellung im Wirbellosensaal. Diese ist seit 60 Jahren kaum verändert worden. Die Neugestaltung der Ausstellung wird einen systematischen Überblick über die wirbellosen Tiere ermöglichen und vermehrt auch auf Themen aus der alltäglichen Umgebung hinweisen.

Das Naturhistorische Museum beherbergt traditionsgemäss zahlreiche Tiere, die ihr Leben im Zoologischen Garten Basel verbracht haben. Da der Zolli 1999 sein 125-jähriges Bestehen feiern wird, haben dieser und das Naturhistorische Museum als langjährige Partner beschlossen, gemeinsame Aktionen durchzuführen und während dieses Jahres in der jeweils anderen Institution präsent zu sein.

Die Museumspädagogik plant die Produktion von verschiedenen Hilfsmitteln (Broschüren usw.), die mit ausgewählten Themen Querverbindungen zwischen den verschiedenen Ausstellungen herstellen und so den Zugang zu diesen erleichtern.

Mit der Durchführung eines Symposiums über Entomofaunistik (Insektenforschung) und gleichzeitig eines Kongresses der drei deutschsprachigen entomologischen Gesellschaften (Deutschland, Österreich und Schweiz) wird das internationale Fachpublikum angesprochen. An diesen Grossanlässen werden 600-800 Forscherinnen und Forscher aus ganz Europa erwartet.