Das Ornithologische Inventar beider Basel (fertiggestellt 1996) und das Naturschutz-Konzept Basel-Stadt bilden die Grundlagen für Massnahmen, welche die Vogelwelt im Kanton Basel-Stadt verbessern sollen. Sie müssen bei raumwirksamen Planungen berücksichtigt werden. Mit den vorhandenen rechtlichen Mitteln können bei Vorhaben, welche die Existenz seltener und gefährdeter Vogelarten bedrohen, die nötigen Vorkehrungen getroffen und Ersatzmassnahmen angeordnet werden.

Mit verschiedenen Massnahmen in den Bereichen Wald, Landwirtschaft, Fliessgewässer, Naturschutzgebiete und Siedlung will der Regierungsrat erreichen, dass sich der Lebensraum für die vorkommenden Vogelarten verbessert und sich eventuell früher heimische Arten wieder ansiedeln können. Beispiele solcher Massnahmen sind die Revitalisierung der Fliessgewässer oder Beiträge an die Bewirtschaftung naturnaher Landwirtschaftsflächen.

Zonen- und Nutzungsänderungen in den Gebieten, in denen die Vögel leben, sind nur beschränkt vorgesehen. Von regionaler Bedeutung im Kanton Basel-Stadt sind der Limikolenrastplatz bei der Rheinhalde und von nationaler Bedeutung die Mittelspecht-Population in den Wäldern. Für das Naturschutzgebiet Rheinhalde ist eine Zonenänderung in eine Naturschutzzone geplant. Für die Waldgebiete ist jedoch keine Zonenänderung vorgesehen. Denn geeignete Gebiete können sich durch Sukzession verändern und entwickeln und sind in ihrem Zustand nicht stationär. Das Ziel ist es, den Lebensraum für Vögel auf der gesamten Grünfläche zu verbessern und nicht einzelne Inseln unter Schutz zu stellen.