Das AUE besteht aus den drei Hauptabteilungen Gewässer und Abfälle, Stadtentwässerung sowie Energie. Die bisherige Koordinationsstelle für Umweltschutz (KUS) ist neu als Stabsstelle "Koordination" tätig und mit den Aufgaben Öffentlichkeitsarbeit, Umweltberatung, Planung/Konzepte und Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) betraut. Die Struktur des neuen Amtes begünstigt einerseits die zukünftige Integration von weiteren Umweltstellen. Andererseits ermöglicht es die Aufrechterhaltung des PuMa-Pilotprojektes (public managements oder wirkungsorientierte Verwaltungsführung) im bisherigen Gewässerschutzamt.

Germain Della Bianca, bisheriger Leiter des Gewässerschutzamtes, wird interimistisch die Leitung des AUE übernehmen. Mit der Übernahme dieser neuen Funktion per 1.1.1999 beendet Germain Della Bianca seine 20-jährige Tätigkeit als Leiter des Gewässerschutzamtes im Baudepartement. Er prägte wesentlich dessen Auf- bzw. Ausbau und führte das Amt per 1.1.1998 als eines der Pilotprojekte ins PuMa. Germain Della Bianca hat die herausfordernde Aufgabe übernommen, das neue Amt bis zu seiner Pensionierung zusammen mit seinen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern aufzubauen, nach den Kriterien des PuMa zu organisieren und möglichst zu konsolidieren, um es dann zu gegebener Zeit einem Nachfolger oder einer Nachfolgerin übergeben zu können.

Neben den organisatorischen Aspekten wurden auch die Zielsetzungen für das AUE grob umschrieben: Es sind dies der zeitgemässe Vollzug der Umweltgesetze, eine offene Informations- und Kommunikationspolitik nach aussen und gegenüber anderen Amtsstellen sowie eine Stärkung der Umwelt- und Energiethemen im Baudepartement.