Bei dem Beschluss des Regierungsrates, der Musikhochschule und der Schola Cantorum Basiliensis den Status einer Fachhochschule im kantonal geregelten Bereich zuzusprechen, handelt es sich grösstenteils um einen rein formellen Akt. Die Studiengangprofile sowie die Grösse (zur Zeit 520 Studierende), Infrastruktur und künstlerisches Umfeld beider Institutionen entsprechen seit längerem den Anforderungen an eine Musikhochschule. Mit der offiziellen Statuierung musste allerdings zugewartet werden, bis der Fachhochschulrat der Schweizerischen Erziehungsdirektorenkonferenz (EDK) das Reglement über die Anerkennung kantonaler Fachhochschuldiplome sowie das entsprechende Profil der Musikhochschulen an seiner Sitzung vom 10. Juni 1999 verabschiedet hat.

Die Musikhochschule und die Schola sind private, vom Kanton hochsubventionierte und anerkannte Institutionen, welche - zumindest bis auf weiteres - als eigenständige baselstädtische Fachhochschule geführt werden. Da sich der Begriff der Fachhochschule in Österreich und Deutschland aus Anerkennungsgründen als ungünstig erweist - die dortigen Hochschulen für Musik sind den Fachhochschulen übergeordnet -, lautet die hiesige Nomenklatur auf ‘Musikhochschule und Schola Cantorum Basiliensis’.

Eine Veränderung der Struktur der heutigen Musik-Akademie drängt sich trotz neuem Fachhochschulstatus ihrer Berufsabteilungen nicht auf. So wird die Schola weiterhin als eigenständiges Institut und nicht bloss als Abteilung der Musikhochschule geführt, weshalb sie auch eigens im Titel erwähnt wird. Zudem bleiben die Musikhochschule, die Schola und die Musikschule unter einem Dach vereinigt; als oberstes Organ aller drei Institutionen fungiert auch in Zukunft der Stiftungsrat der Musik-Akademie.

Das Angebot der Musikhochschule und der Schola umfasst alle im EDK-Profil erwähnten Studienbereiche wie Musikpädagogik im instrumentalen und vokalen Bereich, Interpretation und Performance ebenfalls im instrumentalen und vokalen Bereich, Schulmusik sowie Dirigieren. Unter den Spezialbereichen zu nennen sind insbesondere die Schola als Kompetenzzentrum für Alte Musik sowie das Elektronische Studio mit den Fachklassen für Elektronische Musik und Komposition sowie Audio-Design. Beide Zentren geniessen international einen hervorragenden Ruf. Die Musikhochschule und die Schola werden die im EDK-Profil festgehaltenen Studiengänge allein auf Fachhochschulniveau führen; Ausbildungen auf höherem Fachschulniveau werden nur noch im Bereich der Musikalischen Grundkurse und der Sekundarlehramtsausbildung angeboten.

Nebst den Diplomausbildungen umfasst der Leistungsauftrag einer Fachhochschule auch die Bereiche Angewandte Forschung und Entwicklung, Weiterbildung sowie Dienstleistungen und Zusammenarbeit mit anderen Institutionen im Kultur- und Hochschulbereich. Was den Forschungsauftrag anbelangt, zeichnet sich insbesondere die Schola über eine international bekannte Forschungsabteilung aus, die Forschungsprojekte, Editionen und Publikationen zur historischen Aufführungspraxis der Alten Musik betreut, CD-Aufnahmen produziert sowie Symposien und Vorträge organisiert.

An der Musikhochschule wird sich die zukünftige Koordinationsstelle für angewandte Forschung und Entwicklung um den Ausbau schon bestehender Forschungsarbeit an der Musikhochschule und im Elektronischen Studio sowie um die Förderung der Zusammenarbeit mit der Universität und der Paul Sacher-Stiftung bemühen. Dienstleistungen an Dritte erbringen die Berufsabteilungen der Musik-Akademie vor allem in Form von zahlreichen Konzerten, darunter die Akademie-Konzerte oder die Extra-Konzerte der Schola, aber auch von öffentlich zugänglichen Symposien, Kursen und Vorträgen, beispielsweise der von der Musikhochschule organisierten Vortragsreihe ‘Kulturphilosophie und Gesellschaftspolitik’.

Eine institutionalisierte Zusammenarbeit besteht unter anderem mit dem Sinfonieorchester Basel (Orchestervolontariat und Schlusskonzerte); zu nennen sind auch die zahlreichen Koproduktionen mit dem Theater Basel (beispielsweise ‘Die Soldaten’ von Bernd Alois Zimmermann oder diverse Claudio Monteverdi-Produktionen mit René Jakobs und Joachim Schlömer) sowie die projektbezogene Kooperation mit der Elisabethenkirche, dem Verein ‘Freunde Alter Musik’, der Internationalen Gesellschaft für Neue Musik (IGNM) und anderen. Die Bereiche der Fort- und Weiterbildung sind an beiden Institutionen noch wenig ausgebaut; ein Fort- und Weiterbildungskonzept wird in den kommenden vier Jahren erarbeitet.