Sowohl im Ständerat wie im Nationalrat ist im Frühjahr 2001 vom Basler Ständerat Gian-Reto Plattner und vom damaligen Nationalrat und heutigen Regierungsrat Christoph Eymann eine gleichlautende Motion für eine substantielle Steigerung der Grundbeiträge des Bundes an die kantonalen Universitäten eingereicht worden. In ihrer Begründung führen die Motionäre unter anderem aus, dass höhere Bundesbeiträge nicht dazu führen dürfen, dass die Kantone ihre Beiträge an die Universitäten entsprechend herabsetzen. Vor diesem Hintergrund hat der Regierungsrat des Kantons Basel-Stadt die mittelfristigen Finanzierungsaussichten der Universität auch mit Blick auf die Verhandlungen zum Universitätsvertrag mit dem Kanton Basel-Landschaft behandelt. Er hat dabei beschlossen, die Beiträge des Kantons Basel-Stadt auch dann in der jetzigen Höhe beizubehalten, wenn der Universität vom Bund, aus Drittmitteln und von anderen Kantonen steigende Beiträge zufliessen. Der Regierungsrat trägt damit der Einsicht Rechnung, dass die Universität in den nächsten Jahren über erheblich mehr Mittel verfügen muss, wenn sie sich erfolgreich im nationalen und internationalen Wettbewerb der Hochschulen durchsetzen will. Christoph Eymann wird als Vorsteher des Erziehungsdepartements ein Schreiben an den Bundesrat richten, das diese Haltung des Regierungsrats zum Ausdruck bringt. Der Regierungsrat geht dabei davon aus, dass der Bundesrat von den Regierungen der anderen Universitätskantone ähnliche Signale erhält.