Die heutige Organisation des Gesundheitsdepartements besteht seit dem 1. Juli 2005. Inzwischen sind auf das Departement verschiedene Änderungen zugekommen. Zum einen erfolgte per 1. Januar 2012 die Verselbständigung der drei Spitalbetriebe Universitätsspital, Felix Platter-Spital und der Universitären Psychiatrischen Kliniken. Per 1. Januar 2016 folgt bekanntlich die Verselbständigung der Universitären Zahnkliniken Basel. Zusätzlich hat das Gesundheitsdepartement in diesem Jahr die personellen Abgänge der beiden Bereichsleitenden Anne Lévy (ehemalige Leiterin des Bereichs Gesundheitsschutz) und Philipp Waibel (Leiter Bereich Gesundheitsdienste) zu verzeichnen. Anne Lévy ist seit Anfang August 2015 neue Direktorin der Universitären Psychiatrischen Kliniken; Philipp Waibel geht per Ende Jahr auf eigenen Wunsch in Frühpension, wird aber im Mandatsverhältnis in reduziertem Umfang weiterhin für das Gesundheitsdepartement tätig bleiben.

Diese strukturellen und personellen Veränderungen hat Regierungsrat Lukas Engelberger, Departementsvorsteher des Gesundheitsdepartements, zum Anlass genommen, die jetzige Organisation neu aufzustellen. Insgesamt sollen flachere Führungsstrukturen eingeführt werden. Die neue Organisation gilt per 1. Januar 2016. So werden das Institut für Rechtsmedizin, das Kantonale Laboratorium, das Kantonale Veterinäramt, die Medizinischen Dienste und die Abteilung Sucht ab Anfang 2016 dem Departementsvorsteher direkt unterstellt. Die flachere Hierarchie steht für einen direkteren Austausch der Dienststellenleitenden untereinander und mit dem Departementsvorsteher. Sie soll weiterhin einen verantwortungsvollen Umgang mit Ressourcen und Steuergeldern gewährleisten. Die zwei bisherigen Bereichsleitungsstellen werden nicht ersetzt. Die neu direkt unterstellten Dienststellenleitenden werden einen Teil der Aufgaben, welche die beiden bisherigen Bereichsleitenden wahrgenommen haben, übernehmen. Querschnittsfunktionen, welche die Bereichsleitenden wahrgenommen haben, werden neu im Generalsekretariat zusammengezogen.

Bereich Gesundheitsversorgung unverändert
Der Bereich Gesundheitsversorgung mit seinen planerischen Aufgaben bleibt unverändert unter der Leitung von Peter Indra bestehen.