Einer der bedeutendsten Basler Bischöfe des Mittelalters, Burkhard von Fenis, gründete 1083 am linken Rheinufer die erste Klosteranlage fernab der mittelalterlichen Stadt. Er unterstellte die Klostergründung dem aufstrebenden Benediktinerkloster in Cluny als Cluniazenser Priorat. Wie die ersten Untersuchungsergebnisse nun deutlich machen, zeugen von der Gründungskirche nur noch wenige Mauerreste. Die bis heute prägende Gestalt der mittelalterlichen Klosterkirche geht auf eine umfassende Erneuerung im 13. Jahrhundert zurück. Das Erdbeben von 1356 manifestiert sich in diesem überlieferten Baubestand in aller Deutlichkeit. Das Bild, das die Schriftquellen vom Einsturz und anschliessenden Wiederaufbau von Kirche und Kloster überliefern, wird nun dank bauarchäologischer Untersuchungen konkret fassbar: Leutkirche und Turm stürzten ein, während das mit Strebepfeilern gestützte Chormauerwerk integral stehen blieb. Grosse Schäden entstanden durch nachfolgende Brände. Wohl beim grossen Stadtbrand von 1417 wurden insbesondere die nordseitig an den Chor angebaute Sakristei sowie die daran angeschlossene Marienkapelle weitgehend zerstört. Davon und vor allem von der Erneuerung und Aufstockung dieser zur gotischen Kirche gehörigen Annexbauten zeugen die Spuren am Mauerwerk in beeindruckender Deutlichkeit.

Zurzeit sind die Spuren dieser längst nicht mehr existierenden Anbauten an der freigelegten Nordseite des Chors deutlich zu sehen. Es präsentiert sich eine facettenreiche Kumulierung baugeschichtlicher Zustände mit zahlreichen Umbauten und Erneuerungen. So ist beispielsweise zu erkennen, wie die ursprünglichen Dächer von Sakristei und Marienkapelle millimetergenau an die Unterseite der Chorfenster anschlossen und dort mittels einer aufwendig konstruierten Traufentwässerung durch die Strebepfeiler hindurch ausgestattet waren. Ferner lässt sich an den abgeschlagenen Fragmenten in der Nordmauer der spätere Einbau eines Kreuzrippengewölbes ablesen.

Die Erkenntnisse der bauarchäologischen Untersuchungen bei der aktuellen Renovation sind die Grundlage für eine revidierte Baugeschichte dieser ältesten Klosterkirche Basels. Einige Befunde sind noch für kurze Zeit vor Ort zu sehen – eine einmalige Chance, Baugeschichte direkt miterleben zu können.