Die 1019 im Beisein Kaiser Heinrichs II. stattfindende Weihe der ottonischen, unter Bischof Adalbero II. (999–1025) entstandenen Basler Kathedrale ist ein wichtiger Eckpunkt in der Geschichte des Münsters, zumal Heinrich und seiner Gemahlin Kunigunde im Laufe des Mittelalters in Basel ein zunehmend grosser Kult zuteilwurde. Die Ursprünge der Kathedrale sind allerdings mindestens zweihundert Jahre früher anzusetzen: Der erste sicher fassbare Bau der Bischofskirche entstand bereits im frühen 9. Jahrhundert unter Haito, Abt der berühmten Klosterinsel Reichenau und von 802/3–823 Bischof von Basel.

Während sich die ersten Münsterbauten fast ausschliesslich in Fundamenten und nur wenigen Mauerresten erhalten haben, prägen die weiteren Bauphasen das Erscheinungsbild des heutigen Münsters wesentlich. Mit seiner ausgewogenen Gesamtgestaltung sowie dem reichen Skulpturenschmuck zeugt der in grossem Umfang erhaltene spätromanische Neubau von höchster architektonischer und bildhauerischer Qualität. Unter seinen Bauherren sticht in der Überlieferung insbesondere Lüthold I. von Aarburg (1191–1213) hervor, der sich in der Krypta gemeinsam mit Adalbero verbildlichen liess. Mit der Errichtung einer neuen, reich mit Skulpturen ausgestatteten Portalanlage um 1275/90, möglicherweise gefördert durch König Rudolf und seine Gemahlin Anna von Habsburg, hielt die Gotik Einzug am Münsterbau.

Das schwere Erdbeben von 1356 stellte auch für das Münster einen Einschnitt dar, wurde es doch stark in Mitleidenschaft gezogen. Für den Wiederaufbau der zerstörten Teile des Chores sowie der eingestürzten Gewölbe wurde der berühmte Parler-Baumeister Johannes von Gmünd verpflichtet. In gekonnter Weise verschränkte er den spätromanischen Vorgängerbau mit den gotischen Ergänzungen. Im Zuge der Instandsetzungen entstanden auch Lettner, Bischofsthron und das reich geschnitzte Chorgestühl.

Nachdem der erste Münsterturm nach einem Entwurf Ulrichs von Ensingen kurz vor dem Basler Konzil (1431–1449) fertiggestellt werden konnte, kam der Münsterbau mit der Fertigstellung des zweiten Turmes, der unter Leitung des Baumeisters Hans Nussdorf entstand, am 23. Juli 1500 zum Abschluss. Damit gehört das Basler Münster zu den wenigen noch im Mittelalter bis zu den Turmspitzen vollendeten Kathedralen.

Die Sonderausstellung veranschaulicht die Baugeschichte des seit jeher bedeutendsten Kirchenbaus der Stadt anhand grossformatiger Rekonstruktionen der einzelnen Bauphasen sowie zahlreicher erstmals gezeigter Exponate, die mit den romanischen und gotischen, permanent im Museum Kleines Klingental präsentierten Münsterskulpturen in Dialog treten. Neben Werken mittelalterlicher Steinmetz- und Bildhauerkunst werden prachtvolle Urkunden und Handschriften, Münzen sowie einzigartige Grabungsfunde ins Licht gerückt.