1996 haben Volk und Stände eine weitgehende Reform der Agrarpolitik eingeleitet. Die Wettbewerbsfähigkeit der Landwirtschaft soll unter Förderung der ökologischen und nachhaltigen Landwirtschaft gestärkt werden. Diese Entwicklung hat auch Einfluss auf die zehn Landwirtschaftsbetriebe des Kantons Basel-Stadt, die von der Zentralstelle für staatlichen Liegenschaftsverkehr (ZLV) verpachtet werden. Die ZLV investiert grundsätzlich nur noch in jene Landwirtschaftsbetriebe, deren Existenzfähigkeit auch noch in 10 bis 20 Jahren gegeben ist. Ein Landwirtschaftsbetrieb ist bereits verkauft worden.

Mit 70 Kühen und 70 Hektaren (700'000 m2) zugehöriger landwirtschaftlicher Nutzfläche ist der St. Margarethenhof auch unter der neuen Agrarpolitik existenzfähig. Die Bewirtschaftung erfolgt nach den Richtlinien des ökologischen Leistungsnachweises. Der Betrieb ist vielseitig ausgerichtet mit Milchwirtschaft, Ackerbau und Spezialkulturen wie Erdbeeren und Spargeln.

Der heutige Stall auf dem St. Margarethenhügel ist zu klein; die Tierschutzvorschriften können nur mit Auflagen eingehalten werden. Das Jungvieh wird wegen Platzmangel in Arlesheim gehalten, was die Betreuung erschwert und unwirtschaftlich ist. Der Kanton erstellt deshalb auf den ehemaligen Schülergärten zwischen den heutigen Gebäuden und dem Friedhof einen tierfreundlichen, offenen Laufstall samt überdeckten Liegeboxen mit Fressbereich. Dies ermöglicht eine rationellere Milchwirtschaft. Der Stall gliedert sich in eine gedeckte Futterachse, einen offenen Laufhof mit Spaltenboden, 68 Liegeboxen für das Milchvieh und einen Melkstand. Das bestehende Ökonomiegebäude dient weiterhin der Futterlagerung. Das Jungvieh kann künftig im heutigen Stall statt in Arlesheim untergebracht werden.

Die Wahl des Standortes für den Stall erforderte eine intensive Auseinandersetzung mit Aspekten der Raumplanung, des Denkmalschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes. Die Gemeinde Binningen hat inzwischen die erforderliche Baubewilligung erteilt.

Die Stadt Basel hat den St. Margarethenhof 1897 gekauft, um das Gebiet von Spekulationsbauten freizuhalten. Der Margarethenhügel und der Landstrich bis zum Bruderholzspital stellt einen bedeutenden Teil der Landwirtschaftsfläche des St. Margarethenhofes. Neben dem Kanton Basel-Stadt sind die Christoph Merian Stiftung und das Bürgerspital grössere Verpächter von Land. Die Gemeinde Binningen hat grosse Teile davon der Landwirtschaftszone zugeteilt.

Die Bedeutung der Landwirtschaft kann in diesem stadtnahen Hof der Bevölkerung von Basel näher gebracht werden. Die Milch kommt nach wie vor aus dem Euter der Kuh und nicht aus dem Beutel.