Die beiden Bildungskommissionen von Basel-Stadt und Basel-Landschaft haben sich am 25. Mai 2009 im Landratssaal in Liestal zur dritten und abschliessenden Runde im Differenzbereinigungsverfahren zum Life-Sciences-Neubau der Universität Basel getroffen. Als Diskussionsgrundlage dienten Kompromissvorschläge, die von den Submissionsverantwortlichen der beiden Basler Kantone ausgearbeitet worden sind. Zum grossen Bedauern der BKK wurde seitens der BKSK kein Kompromiss akzeptiert. Dies bedeutet für die beiden Kantone und ihre KMU eine Verzögerung des Geschäfts. Zudem wird durch das Scheitern im ersten Differenzbereinigungsverfahren überhaupt die Partnerschaft belastet, was angesichts kommender wichtiger Geschäfte wenig zuversichtlich stimmt. Die BKK ist der Ansicht, dass eine Differenzbereinigung Schritte beider Kommissionen aufeinander zu bedingt hätte und nicht ein Zurückfallen auf eine basellandschaftliche Position, die angesichts der geltenden rechtlichen Bestimmungen unhaltbar ist. Die BKK weist die Verantwortung für das Scheitern des Verfahrens einhellig zurück.

Eine Mehrheit der Landratskommission fordert die unveränderte Durchsetzung des Landratsbeschlusses vom 19. Februar 2009, der die ursprüngliche Differenz schuf. Dieser Beschluss verlangt, bei der Ausschreibung von Aufträgen und insbesondere bei der Auftragsvergabe im Rahmen von Einladungsverfahren sowie bei freihändigen Vergaben die Anbieter in den Kantonen Basel-Landschaft und Basel-Stadt gleichwertig zu behandeln und zu berücksichtigen. Diese Formulierung lässt sich nicht mit dem Submissionsgesetz vereinbaren, da dadurch der Wettbewerb verzerrt und die Konkurrenz ausgeschaltet wird.

Die BKK baute im Verlauf des Differenzbereinigungsverfahrens ihrer Partnerkommission mehrere Brücken und wäre bereit gewesen, dass die beiden Kantone im freihändigen Verfahren bezüglich Auswahl der Anbieter sowie bei der Vergabe gleichwertig behandelt und berücksichtigt werden. Ein solcher Beschluss würde dem entsprechen, was die beiden Submissionsämter selbst vorgelegt haben, und wäre in der Praxis auch umsetzbar.