Am 13. Dezember 1994 hat der Regierungsrat eine Verordnung zum Kirchengesetz genehmigt, welche auch eine Liste von Kirchengebäuden enthielt, die als geschichtliche Kunstdenkmäler gelten. Ein Teil dieser Kirchen stand damals bereits formell unter Denkmalschutz, für die übrigen beabsichtigte der Regierungsrat eine Ergänzung des Denkmalverzeichnisses.

Nachdem die evangelisch-reformierte Kirche, die römisch-katholische Kirche, die israelitische Gemeinde sowie der Gemeinderat Riehen einer formellen Eintragung ihrer Liegenschaften ins Denkmalverzeichnis zugestimmt haben, hat der Regierungsrat nun das Denkmalverzeichnis formell bereinigt.

Folgende Kirchen werden neu ins Denkmalverzeichnis aufgenommen: St. Johanneskirche, Matthäuskirche, Oekolampad, Thomaskirche, Zwinglihaus, Allerheiligenkriche, Heiliggeistkirche, St. Johannes Bosco-Kirche, St. Josephskirche, St. Marienkirche, Kleine Synagoge, St. Franziskuskirche (Riehen).