Bis 1981 bestand ein erstes Spitalabkommen zwischen den Kantonen Basel-Stadt und Jura. Es wurde vom Kanton Jura aus finanziellen Gründen gekündigt. Seit 1987 regelt ein Vertrag mit dem Verband der jurassischen Krankenversicherer die Abgeltung von ausserkantonalen Spitalaufenthalten. Mit der Einführung des neuen Krankenversicherungsgesetzes, KVG, Anfang 1996 haben sich im Bereich der ausserkantonalen Hospitalisationen erhebliche Änderungen ergeben, die den bestehenden Vertrag mit den Krankenversicherern nahezu gegenstandslos machten. Die Zuzahlungsverpflichtung des Wohnkantones bei ausserkantonalen Hospitalisation gemäss KVG belastet Kanone wie den Jura mit seiner kleinen eigenen Spitalinfrastruktur auf besondere Art. Aus diesem Grund ist der Kanton Jura auf die Zusammenarbeit mit ausserkantonalen Spitälern angewiesen, um einen aufwendigen Kapazitätsausbau zu vermeiden und gleichzeitig die Spitalversorgung der Bevölkerung zu garantieren.

Das neue Spitalabkommen zwischen den Kantonen Jura und Basel-Stadt sichert den Patientinnen und Patienten aus dem Kanton Jura in medizinisch begründeten Fällen den Zugang zu den Basler Universitätsspitälern (Kantonsspital einschliesslich Universitäts-Augenklinik, Kinderspital und Felix Platter-Spital) in der Allgemeinen Abteilung. Für Basel stellt das neue Spitalabkommen einen Beitrag zur Sicherung des Einzugsgebietes dar.

Der Regierungsrat des Kantons Jura hat das Abkommen bereits am 3. Dezember 1996 genehmigt. Es tritt rückwirkend auf den 1. Juli 1996 in Kraft.