Aufgrund langer Vorarbeiten und nach Genehmigung durch die beiden Parlamente Basel-Stadt und Basel-Landschaft schlossen die beiden Kantone mit der Ciba-Geigy AG 1992 einen Vertrag über die Sonderabfallverbrennung. Gemäss dieser Vereinbarung verpflichtet sich die Ciba-Geigy während mindestens zehn Jahren nach Inbetriebnahme der Sonermüllverbrennungsanlage geeignete Sonderabfälle zur Verbrennung anzunehmen, und zwar jährlich 1'500 Tonnen aus Basel-Stadt und 2'200 Tonnen aus Basel-Landschaft. Die beiden Kantone ihrerseits übernehmen die Kosten, die während dieser Zeit für angemeldete und nicht benutzte Kapazitäten anfallen.

Zur Zeit der Planungsphase der Anlage bestand in der Schweiz bei Sonderabfällen ein beträchtlicher Entsorgungsengpass. Noch 1992 bestätigte das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft wörtlich, "dass für die Behandlung von Sonderabfällen gesamtschweizerisch ein zusätzlicher Gesamtbedarf von 60'000 Tonnen Verbrennungskapazität bestehe; da die RSMVA mit einer geplanten Kapazität von rund 15'000 Tonnen als erste der gemäss Bundeskonzept vorgesehenen Anlagen in Betrieb gehen wird, ist der Bedarf auf jeden Fall gegeben". Die Annahme des Bundes, dass die regionale Sondermüllverbrennungsanlage in Basel in jedem Falle ausgelastet sein wird, erweist sich heute als unzutreffend.

Obwohl in der Schweiz genügend Sonderabfälle anfallen, die aus ökologischen Gründen einer Hochtemperaturverbrennung bedürfen, ist die RSMVA bei weitem nicht ausgelastet. Vor allem sind es vom BUWAL geduldete Anlagen mit verfahrenstechnischen Defiziten oder Anlagen mit anderen Rahmenbedingungen (z.B. Zementwerke), die auf dem freien Markt deshalb finanziell im Vorteil sind. Der Bund wird nun gesamtschweizerisch Massnahmen in die Wege leiten, um Sonderabfälle in Anlagen zu verbrennen, die dem Stand der Technik entsprechen und eine sinnvolle ökologische Entsorgung gewährleisten.

Aufgrund des seinerzeitigen Vertrages zwischen Basel-Stadt und Basel-Landschaft und Ciba steht dieser gemäss Risikogarantie eine Entschädigung für die damals vereinbarten und heute nicht genutzten Kapazitäten in Höhe von rund 3 Millionen Franken zu. Die zuständigen Amtsstellen der beiden Kantone bemühen sich einerseits um die Anwendung eines einheitlichen Massstabes durch die Bundesbehörden und andererseits zusammen mit der Ciba um die zusätzliche Acquisition von Sondermüll, um die Anlage besser auslegen zu können.