Der neue Vertrag zwischen dem Kanton Basel-Stadt und dem Bürgerspital Basel über Subventionen an die Chrischonaklinik baut auf dem geltenden Vertrag auf: Subventioniert wird die Hospitalisation allgemein versicherter Patientinnen und Patienten. Dabei übernimmt der Kanton die Kosten, soweit sie nicht durch die Spitaltaxen gedeckt sind; die Krankenkassen bezahlen gemäss Krankenversicherungsgesetz höchstens fünfzig Prozent der anrechenbaren Kosten.

Der vom Sanitätsdepartement ausgehandelte Vertrag subventioniert die Leistungen der Chrischonaklinik nach einem festen Preis pro Pflegetag. Dabei wird die Zahl der Pflegetage auf 15’000 pro Jahr limitiert. Pflegetage, die diese Limite überschreiten, werden - in Anlehnung an den Privatspitälervertrag - zu einem reduzierten Subventionssatz abgegolten. Der neue Subventionsvertrag verzichtet auf den automatischen Teuerungsausgleich. Andererseits können die für die Subvention massgebenden Faktoren im Rahmen einer Revision alle zwei Jahre an veränderte Verhältnisse angepasst werden. Pro Jahr werden die Subventionen bei rund 2,3 Millionen Franken liegen.

Der neue Subventionsvertrag enthält einen klaren Leistungsauftrag für die Chrischonaklinik. Die Klinik wird als Rehabilitationsklinik positioniert. Behandelt werden primär Patientinnen und Patienten mit Erkrankungen des Stütz- und Bewegungsapparats, zum Beispiel nach orthopädischen Operationen, ausserdem Patientinnen und Patienten mit neurologischen Erkrankungen, Erkrankungen der Atmungsorgane, Gefässleiden und Herzkrankheiten. Dabei soll der Klinikaufenthalt durchschnittlich rund 21 Tage betragen. Mit dem klar definierten Rehabilitationsauftrag sollen die Akutspitäler entlastet werden.