Mit der Reorganisation und Verselbständigung der Universität Basel anfangs 1996 wurde auch die Medizinische Fakultät in einen grundlegenden Reformprozess einbezogen. Erneuerungsprojekte wurden auf verschiedenen Ebenen in Angriff genommen. Die Fakultät selber hat eine Studienreform eingeleitet, die zu einer Revision des Studienganges Humanmedizin führt. Eine neugeschaffene, von Fakultät und Gesundheitsdirektionen Basel-Stadt und Basel-Landschaft paritätisch besetzte "Koordinationskommission Klinische Medizin" dient der Klärung sämtlicher inhaltlicher, personeller und finanzieller Fragen im Schnittstellenbereich von Lehre und Forschung einerseits sowie klinischer Dienstleistung andererseits.

Durch den Universitätsrat wurde - im Kontext zu Erneuerungsprojekten auf gesamtschweizerischer Ebene - ein Projekt "Die Medizinische Fakultät von morgen" initiiert, das in einer ersten Phase mit einem Ideenwettbewerb innovative Grundlagen für den künftigen Leistungsauftrag der Medizinischen Fakultät liefern soll. Parallel dazu definiert das Kantonsspital im Rahmen einer "Portfolio-Analyse" seine Schwerpunkte in der medizinischen Versorgung der Region Basel. In Zusammenarbeit mit der Hochschulkonferenz werden schliesslich, vorerst im Rahmen eines Pilotprojektes am Kinderspital Basel, die Kosten von Lehre, Aus- und Weiterbildung sowie Forschung ermittelt, um auch in finanzieller Hinsicht Grundlagen für den künftigen Leistungsauftrag der Medizinischen Fakultät zu erhalten (Stichwort Globalbudget).

Die Ergebnisse aller dieser parallel laufenden Prozesse auf gesundheits- und hochschulpolitischer Ebene werden zu einer Neupositionierung der Medizinischen Fakultät führen. Der Regierungsrat unterstützt den Universitätsrat in dem von ihm gewählten Vorgehen. In diesem Sinne nimmt der Regierungsrat zu einem parlamentarischen Vorstoss Stellung, der eine verwaltungsexterne Analyse von Struktur, Trägerschaft und Leistungen und die Entwicklung von Alternativen im Bereich der Medizinischen Fakultät angeregt hatte.