Mit der Subvention von jährlich 2,155 Millionen Franken deckt der Kanton Basel-Stadt 13 % des STI-Budgets ab; der Bund finanziert mit 1,827 Millionen Franken 10 % des Budgets. Die restlichen Mittel erwirtschaftet das STI mit seinen 141 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter selbst. Sein Eigenfinanzierungsgrad ist mit 77 % sehr. Im Verhältnis zur kantonalen Subvention trägt damit das STI relativ viel zum Wirtschafts-, Forschungs- und Arbeitsstandort Basel bei.

Das STI hat sich seit seiner Gründung 1943 zu einer anerkannten Institution der Tropenmedizin und internationalen Gesundheit entwickelt. Es umfasst zwei Dienstleistungs- und zwei Forschungsbereiche. Neben dem medizinisch-diagnostischen Dienstleistungszentrum, das die Bedürfnisse von Tropenaufenthalten sowohl vor der Abreise als auch nach der Rückkehr bedient, ist das STI als Unterstützungszentrum für die internationale Gesundheit in Zusammenarbeit mit den entsprechenden Bundesämtern tätig. Als Lehr- und Forschungsinstitut hat sich das STI einen Namen in den Bereichen medizinische Parasitologie/Infektionsbiologie, Gesundheitswesen sowie Epidemiologie gemacht. Das STI arbeitet dabei intensiv mit der Universität Basel und der ETH zusammen.