1996 besuchten 1'614 Schulklassen aus dem Kanton Basel-Stadt mit insgesamt 21'655 Schülerinnen und Schülern den Zoologischen Garten. Dank Beiträgen des Kantons ist der Eintritt für die Schülerschaft und die Lehrkräfte gratis. Besuche im Zolli sind in hohem Masse geeignet, das Verständnis für ökologische Fragestellungen und den Sinn für naturbedingte Zusammenhänge zu wecken. In den letzten Jahren war zudem eine verstärkte Nachfrage der Schulen nach Projektwochen und Führungen zu verzeichnen, die vom Zolli derzeit aus Kapazitätsgründen nicht vollumfänglich erfüllt werden können.

Der Gesamtaufwand des Zolli für seine didaktischen und pädagogischen Leistungen (Führungen, Gratiseintritte, Fortbildungskurse für Lehrkräfte, Anleitung für Semesterarbeiten, usw.) zu Gunsten der Schulen von Basel-Stadt und Basel-Landschaft betrug 1996 über 330'000 Franken. Mit dem Jahresbeitrag von 85'000 soll ein Teil dieses Aufwandes abgegolten werden. Der Kanton Basel-Landschaft leistet seinerseits einen Beitrag von 40'000 Franken jährlich.