Die kantonale Verwaltung arbeitet seit dem 1. Januar 1999 flächendeckend mit der Standardsoftware SAP R/3. Die Kosten der Umstellung vom 20-jährigen Finanzinformationssystem auf die Standardsoftware SAP R/3 liegen mit 11,9 Millionen Franken knapp einen Drittel tiefer als die vom Grossen Rat bewilligten 16,8 Millionen Franken.

SAP R/3 wurde in den sieben Departementen mit den rund 120 Dienststellen departementsweise und zeitlich gestaffelt seit dem 1. August 1996 eingeführt. Mit der Einführung wurden auch die finanziellen Prozesse im Gesamtkanton analysiert und gestrafft. Die neuen Instrumente im Bereich des innerbetrieblichen Rechnungswesens und der Berichterstattung erlauben zunehmend eine kosteneffiziente Verwaltungsführung auf den verschiedenen Verwaltungsebenen. Mit der Einführung von SAP samt integrierter Kostenrechnung nimmt Basel-Stadt im Bereich der kantonalen Verwaltungen eine Pionierrolle in der Schweiz ein.

Ab 1999 werden Budget und Rechnung vollumfänglich im neuen System durchgeführt. Parallel dazu kommt auch in diesem Jahr erstmals die neue harmonisierte Rechnungslegung (FDK) bei der Berichterstattung an den Grossen Rat und die Öffentlichkeit vollständig zum Tragen.