Seit Juni 1996 läuft die Innenrestaurierung des Basler Münsters. Dabei handelt es sich um die erste umfassende Renovation der Gewölbe des Haupt- und Querschiffes, der Seitenschiffe und der Emporen seit 1932. Neben der Sanierung der Decken wurde auch der gesamte Innenraum des Münsters aufgehellt. Die Renovation erfolgte in drei Etappen, wobei das Münster für Touristen immer geöffnet war und auch die Gottesdienste jederzeit stattfinden konnten. Im Rahmen der Renovation wurden verschiedene interessante Funde gemacht.

Die Gesamtkosten der Restaurierung betrugen rund 1,85 Millionen Franken. Davon haben der Kanton 57 Prozent und die evangelisch-reformierte Kirche 25 Prozent übernommen. Die restlichen 18 Prozent der Kosten trägt der Bund, da es sich beim Basler Münster um ein Denkmal von nationaler Bedeutung handelt.

Die offizielle Wiedereröffnung des Münsters erfolgt am Wochenende vom 20./21. März 1999. Als Besonderheit präsentiert sich das Münster während dieser beiden Tage noch ohne Bestuhlung. Am Samstag, 20. März wird um 16.30 Uhr ein Gottesdienst zur Wiedereröffnung abgehalten, am Sonntag, 21. März finden zur gewohnten Zeit um 10.00 Uhr der Gottesdienst und um 18.00 Uhr ein Taizé-Gebet statt.

Die Innenrenovation konnte planmässig durchgeführt und abgeschlossen werden, bevor im nächsten Jahr das Fest "500 Jahre Fertigstellung des Münsters" sowie im Jahre 2001 das Jubiläum "500-Jahre Basel zur Eidgenossenschaft" stattfinden.