Ein wichtiges Anliegen der Schulreform ist es, den Kindern Zeit zu geben, um sich selber kennenzulernen und um herauszufinden, wo ihre Stärken und Schwächen liegen. Die OS beginnt deshalb mit einem äusserlich undifferenzierten 5. Schuljahr und endet mit dem 7. Schuljahr als integriert-differenzierte Gesamtschule, in der die Fächer Deutsch, Französisch und Mathematik von den Schülerinnen und Schülern in verschiedenen Leistungsniveaus besucht werden können.

Der Erziehungsratsbeschluss vom 12. Januar 1998 eröffnet den Lehrkräften der OS seit Beginn des Schuljahres 1998/99 Organisationsformen des Niveauunterrichts, die den sozialen Zusammenhalt im Klassenverband stärken und es erlauben, bestehende Ressourcen massgeschneidert zum Einsatz zu bringen.

In Riehen wird der Niveauunterricht lediglich noch in einem von drei OS-Schulhäusern traditionell organisiert. An der OS Basel werden in zwei von 13 Schulhäusern neue Niveaumodelle erprobt.

Zu den wesentlichen Merkmalen der neuen Organisationsformen gehört, dass die Klasse sich zum Unterricht in den Niveaufächern Deutsch, Französisch und Mathematik nicht durchgängig auflöst. Zudem können innerhalb der Klasse integrierende und separierende Formen von leistungsdifferenziertem Unterricht eingesetzt werden. Möglich ist auch Unterricht im Team.

Für die Bewilligung und Qualitätssicherung der in Erprobung stehenden Modelle ist die Schulleitung zuständig. Die Evaluation erfolgt hinsichtlich der vier Themen "Befindlichkeit der Schülerinnen und Schüler", "Arbeitsqualität für die Lehrkräfte", "Erreichen der Lernziele" sowie "Akzeptanz durch die Eltern". Die Evaluation dient unter anderem als Entscheidgrundlage bei der Ausweitung der erweiterten Niveauunterrichtsorganisation auf die ganze OS.