Bereits in den Jahren 1995 bis 1999 wurde der Botanische Garten in Brüglingen durch namhafte Beträge der CMS finanziell unterstützt. Während der Beitrag der Bürgergemeinde aus dem Ertrag der CMS im Vergleich zur Vorperiode unverändert bei 360'000 Franken bleibt, reduziert sich der Anteil der Einwohnergemeinde für die Jahre 2000 bis 2004 auf 855'000 Franken. Der Differenzbetrag in Höhe von 135'000 Franken soll zweckgebunden für ein grosses kulturelles Ereignis im Botanischen Garten eingesetzt werden.

Der Mittelbedarf für die Jahre 2000 bis 2004 geht von einem Betrieb aus, der den heutigen Anforderungen Rechnung trägt. Der Garten wird weiterhin sorgfältig gepflegt und der Bevölkerung unentgeltlich zur Verfügung gestellt. Die Fremdvermietungen und Aktivitäten werden unter Berücksichtigung der Immissionen zurückhaltend gesteigert. Grössere periodische Unterhaltsarbeiten, z. B. an der grossen Berri-Scheune, sind nicht eingeplant.

Der Botanische Garten will für die Bevölkerung ein Ort der Ruhe, Erholung und Erbauung sein. Die Anlage ist für alle Altersgruppen mustergültig gestaltet und setzt botanische Akzente. Die Stärke des Botanischen Gartens liegt in seiner Gartenanlage und in den Pflanzensammlungen. Während der Botanische Garten der Universität Basel beim Spalentor in erster Linie der wissenschaftlichen Forschung dient, ist der Garten in Brüglingen für die Bildung der Bevölkerung konzipiert. So benützen insbesondere Schulklassen die lebendigen Anschauungsbeispiele der Pflanzensammlungen sowie der Feucht- und Trockenbiotope.

Der Botanischer Garten wird auch kulturell genutzt. Während der milden Jahreszeit finden jeden Sonntag Matinéen mit Gratiskonzerten sowie im August Freilicht-Theateraufführungen statt. Im Garten sind diverse Werke zeitgenössischer Künstler ausgestellt.