Der Regierungsrat ist der Meinung, dass der Bundesrat durch Ministerien von seinem wachsenden Arbeitsaufwand entlastet werden soll. In der Vernehmlassung zur Staatsleitungsreform zieht der Regierungsrat diese Variante mit Ministerien der Variante einer Stärkung des Bundespräsidiums vor. Ausschlaggebend dafür war vor allem der Umstand, dass die Bundesratsmitglieder durch die Einsetzung von Ministerinnen und Ministern zur Leitung von Verwaltungsbereichen von der Verwaltungsführung entlastet werden. Dadurch wird ermöglicht, dass sie sich vermehrt auf die politische Führung konzentrieren können. Demgegenüber würde die Stärkung des Bundespräsidiums ohne Erhöhung der Zahl der Bundesratsmitglieder kaum zu deren nachhaltigen Entlastung führen. Zudem wäre ein in seinen Funktionen gestärkter Bundespräsident bzw. eine in ihren Funktionen gestärkte Bundespräsidentin schwer mit dem Kollegialsystem vereinbar.

Die Staatsleitungsreform beschäftigt sich auch mit dem Verhältnis zwischen Bundesversammlung und Regierung. Erwogen wird die Einführung des parlamentarischen Steuerungsinstruments einer Resolution. Damit könnte das Parlament dem Bundesrat in wichtigen Angelegenheiten politische Leitlinien vorgeben. Der Kanton Basel-Stadt kennt das Mittel der Resolution schon seit Jahren und hat gute Erfahrungen gemacht. Der Regierungsrat erachtet deshalb die Einführung der Resolution auch auf Bundesebene als sinnvoll.