Neben dem Kopfbau der neuen Bahnhof-Passerelle im Gundeli soll ein Busbahnhof erstellt werden. Die geplante Infrastruktur im Kopfbau der Passerelle kann auch von Buspassagieren genutzt werden. Läden, Restaurants, sanitäre Einrichtungen und andere Dienstleistungen erfüllen die Anforderungen an einen komfortablen Busbahnhof auf hohem Niveau.

Der geplante Standort für den Busbahnhof ist optimal an das Strassennetz und den öffentlichen Nah- und Regionalverkehr angebunden. Es bestehen optimale Verknüpfungen mit den SBB, mit der BVB-Linie 16 und über die neue Passerelle mit den Tramlinien auf dem Centralbahnplatz. Die Zufahrt für Busse wird so geführt, dass kaum Wohngebiete belastet werden. Die neuen Halteplätze für Busse werden nicht als Dauerabstellplätze betrieben. Sollen Busse für längere Zeit parkiert werden, so muss dafür auf andere Parkplätze (z.B. Parkplatz St. Jakob) ausgewichen werden.

Bevor sich die Variante Bahnhof-Passerelle herauskristalisierte, sind verschiedene unter- und oberirdische Standorte für einen Busterminal geprüft worden. Dabei hat sich gezeigt, dass zur Zeit ein unterirdischer Busterminal an zentraler Lage beim Bahnhof SBB primär wegen der zu hohen Kosten nicht realisiert werden kann. Mit dem oberirdischen Standort neben der neuen Bahnhof-Passerelle wurde für die Fahrgäste von Bussen, die früher an der Heumatt- und heute an der Gartenstrasse stehen, eine wesentlich bessere Lösung gefunden, die per 2003 kostengünstig realisiert werden kann.