Für die Abgeltung von Zentrumsleistungen im Hochschulbereich gibt es neben den speziellen Verträgen mit dem Kanton Basel-Landschaft zwei unterschiedliche interkantonale Vereinbarungen. Die interkantonale Universitätsvereinbarung (IUV) wurde vom Grossen Rat des Kantons Basel-Stadt 1998 verabschiedet und bringt dem Kanton Basel-Stadt im Endausbau 2002 eine Einnahmesteigerung um 17 Millionen Franken jährlich. Daneben konnte 1999 die Fachhochschulvereinbarung in Kraft gesetzt werden, die ebenfalls eine bessere Abgeltung für ausserkantonal Studierende an den Fachhochschulen vorsehen. Da in dieser Vereinbarung die Beiträge aus Sicht der Zentrumskantone immer noch unbefriedigend ausgefallen sind, haben die Kantone der Nordwestschweizerischen Erziehungsdirektorenkonferenz im Rahmen des regionalen Schulabkommens für die Studiengänge der Fachhochschulen Tarife vorgesehen, die 20 Prozent über jenen der Fachhochschulvereinbarung liegen.

Neue Verhandlungen für die beiden Vereinbarungen finden in den Jahren 2002 (FHV) und 2004 (IUV) statt. Der Kanton Basel-Stadt geht mit anderen Zentrumskantonen davon aus, dass die Beiträge dann nochmals verbessert werden können. Ein wichtiges Anliegen ist dem Regierungsrat auch der Ausbau des Universitätsvertrages mit dem Kanton Basel-Landschaft.