Die 5 Sitze des Kantons Basel-Stadt im Fachhochschulrat werden künftig vollumfänglich in Anspruch genommen. Neu wird das Erziehungsdepartement unmittelbar vertreten sein. Der Regierungsrat wählte deshalb Joakim Rüegger, der als Leiter des Ressorts Hochschulen das Dossier Fachhochschule beider Basel seit deren Gründung betreut, in den Fachhochschulrat. Gleichzeitig wurde Prof. Dr. Hans-Joachim Güntherodt, derzeit Delegierter des Kantons Basel-Landschaft im Fachhochschulrat und Prof. für Physik an der Universität Basel auf den weiteren verbleibenden baselstädtischen Sitz gewählt. Auf den dadurch freiwerdenden basellandschaftlichen Sitz wählte der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft neu Nationalrat Hans Rudolf Gysin, Direktor der Wirtschaftskammer Baselland. Damit konnte dem Wunsch nach einer Vertretung des Gewerbes im Fachhochschulrat entsprochen werden.

Der Fachhochschulrat ist spiegelbildlich zum Universitätsrat konzipiert. Gemäss Fachhochschulvertrag § 30, Abs. 2 besteht er aus sieben bis elf Personen, wovon sechs Sitze dem Kanton Basel-Landschaft und fünf Sitze dem Kanton Basel-Stadt zustehen. Die Mitglieder des Fachhochschulrats werden durch den Regierungsrat gewählt. Bei der Gründung des Fachhochschulrats wurden lediglich neun Sitze besetzt, wobei der Kanton Basel-Landschaft sein Sechserkontingent ausschöpfte, während sich der Kanton Basel-Stadt auf die Besetzung von drei Sitzen beschränkte.