Die Stadtgärtnerei nimmt ab Anfang November 2001 die Aufgaben des kantonalen Pflanzenschutzdienstes wahr, welche bisher dem Wirtschafts- und Sozialdepartement zugeordnet gewesen waren. Mit dem Wechsel des kantonalen Pflanzenschutzdienstes wird die von der Stadtgärtnerei angebotene Gartenberatung abgerundet. Dieser bietet auf kantonaler Ebene u.a. Kompost-, Baumpflege- sowie allgemeine Grünberatung an.

Bereits heute besteht eine sehr enge Zusammenarbeit zwischen diesen Institutionen, sodass sich in den konkreten Abläufen für die Bevölkerung keine spürbaren Änderungen ergeben werden. Das fachliche Knowhow und der Vollzug der Schutzmassnahmen wird weiterhin durch die Stadtgärtnerei sichergestellt, sie arbeitet dabei mit privaten Gartenbaubetrieben zusammen.

In den letzten Jahren befasste sich der kantonalen Pflanzenschutzdienst in erster Linie mit der Bakterienkrankheit "Feuerbrand". Dank intensiven Kontrollen, gezielten Rodungen von vorwiegend befallenen Cotoneastern und regelmässiger Information der Bevölkerung konnte die für Kernobstbestände verheerende Krankheit im Kanton Basel-Stadt bisher in Schach gehalten werden. Neu wird der Pflanzenschutzdienst die Einführung des Pflanzenpasses, einem Herkunftszeugnis für diverse Obst- und Alleebäume sowie Beerensträucher, gemäss neuer Pflanzenschutzverordnung des Bundes vornehmen.