Die per Anfang 2001 aufgelöste Jugendfürsorge hatte unter anderem ambulante Massnahmen zur Verhinderung von Fremdplatzierungen finanziert sowie Leistungen und Anschaffungen im Zusammenhang mit Platzierungen von Kindern und Jugendlichen ermöglicht. Mit der Aufteilung der ehemaligen Jugendfürsorge-Aufgaben konnte dieser Bereich nicht mehr hinreichend abgedeckt werden, da die gesetzlichen Grundlagen fehlten. Zu den Leistungen der Jugendfürsorge gehörte die Finanzierung von Musikunterricht, Ferienlagern oder Psychotherapien. Im ambulanten Bereich finanzierte sie beispielsweise Zahnarztbesuche, Aufgabenhilfen oder den Kauf von Kleidern und Brillen.

Die Christoph Merian Stiftung übernimmt rückwirkend ab März 2002 bis Ende Februar 2003 die Finanzierung dieser Leistungen in Fällen, wo weder die Sozialhilfe noch die Sozialpädagogik für die Kosten aufkommen und die Eltern aus den unterschiedlichsten Gründen die Kosten nicht tragen können. Die Kostengutsprachen erfolgen ausschliesslich aufgrund von vorgeprüften Anträgen der Abteilung Kindes- und Jugendschutz (AKJS) oder der Vormundschaftsbehörde Basel-Stadt. Mit den genannten Finanzierungshilfen will die Christoph Merian Stiftung im Sinn ihres Stifters einen Beitrag zur "Linderung der Not und des Unglücks" leisten. Die finanziellen Mittel dafür betragen 120'000 Franken. Ab März 2003 sollen nach Möglichkeit andere Institutionen die Finanzierung solcher Leistungen übernehmen.