Zum Herzstück der Regio-S-Bahn hat der Regierungsrat einen wichtigen Richtungsentscheid gefällt: Er hat festgelegt, dass in erster Priorität die sogenannte Variante Mitte vertieft geplant werden soll. Diese Streckenvariante verbindet auf möglichst kurzem Weg, in einem rund 4,5 km langen Tunnel, die beiden Bahnhöfe (Basel SBB und Badischer Bahnhof) miteinander. Sie erlaubt kurze Fahrzeiten auf den nachfragestärksten Fahrtbeziehungen. Die Investitionskosten wurden im Rahmen der 2004 abgeschlossenen Zweckmässigkeitsstudie grob auf 1,2 Mrd Fr. geschätzt.

Als Option möglich bleiben soll die spätere Realisierung einer unterirdischen S-Bahnverbindung zwischen der Innenstadt und dem Bahnhof St. Johann. Sie würde die Anbindung des geplanten Flughafenbahnhofs und der südelsässischen Gemeinden zwischen Saint-Louis und Mulhouse an die Basler Innenstadt ermöglichen. Zusammen mit der Variante Nord bildet sie ein Ypsilon. Ebenfalls optional möglich bleiben soll der Bau einer direkten Verbindung zwischen dem Bahnhof St. Johann und dem Badischen Bahnhof. Die beiden Abschnitte gehörten im Rahmen der Zweckmässigkeitsstudie zur Variante Nord. Mit 7,5 km Länge und geschätzten Investitionskosten von 1,5 bis 1,8 Mrd. Fr. wies diese Variante ein weniger günstiges Nutzen-Kosten-Verhältnis auf. Ihre Zweckmässigkeit ist aus Sicht des Regierungsrats daher erst dann gegeben, wenn langfristig an den möglichen Stationsstandorten in Basel Nord ein sehr grosses Verkehrspotenzial absehbar werden sollte.

Mit dem Richtungsentscheid läutet der Regierungsrat die nächste Phase des Planungsprozesses ein. Zu klären sind die Organisation und die Finanzierung dieser Phase, die dazu dient, den Antrag auf einen Planungskredit bei den zuständigen Parlamenten vorzubereiten. Der Regierungsrat erwartet dabei eine Fortführung der engen Zusammenarbeit mit dem Kanton Basel-Landschaft und der SBB. Offen ist die Frage, welche Rolle der Trinationale Eurodistrict Basel in der weiteren Bearbeitung des Vorhabens haben könnte. Auch ist zu klären, in welcher Tiefe die optionalen Streckenabschnitte (Marktplatz - Bf. St. Johann und Bf. St. Johann - Bad. Bahnhof) weiter zu vertiefen sind, damit die Korridore in den Raumplanungsdokumenten eingetragen und freigehalten werden können.

Der Regierungsrat schliesst sich mit seinem Entscheid der Empfehlung der damaligen Projektleitung an. Die Fachleute hatten nach Abschluss der Zweckmässigkeitsstudie empfohlen, die Variante Mitte weiterzuverfolgen. In der Projektleitung vertreten waren Verkehrsexperten der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft und der SBB.