Der Jahresbericht und die Jahresrechnung 2006 des UKBB wurden von den Regierungen von Basel-Stadt und Basel-Landschaft genehmigt. Die vom Kinderspitalrat vorgelegte Rechnung des UKBB schliesst für das Betriebsjahr 2006 bei einem Gesamtaufwand von 101.7 Millionen Franken und einem Gesamtertrag von 102,5 Millionen Franken mit einem Überschuss von rund 0.8 Millionen Franken (Vorjahr 5,6 Millionen) ab. Hauptgrund für den tieferen Überschuss sind höhere Ausgaben für das Personal (Umsetzung des Arbeitsgesetzes für die Assistenzärzte), den medizinischen Bedarf und höhere Abschreibungen, welche auf den geplanten Neubau und eine somit verkürzte Restabschreibungszeit zurückzuführen sind. Der Ertrag hat gleichzeitig um knapp 1,3 Mio. Franken abgenommen. Dies ist einerseits auf die geringere Anzahl Pflegetage gegenüber dem Vorjahr zurückzuführen. Andererseits wurden die gemeinwirtschaftlichen Leistungen der beiden Trägerkantone um 1,5 Millionen weniger als im Vorjahr beansprucht. Die Ertragszunahme im ambulanten Bereich beruht auf der Auflösung von Tarmed-Rückstellungen sowie einer höheren Inanspruchnahme von Leistungen.

Die Anzahl der Patientinnen und Patienten im stationären Bereich hat um 7,4% zugenommen. Die Anzahl der Pflegetage belief sich im Jahre 2006 auf 40’006 (Vorjahr 40'917). Dies entspricht einer Abnahme um 2.2%. Die durchschnittliche Bettenbelegung lag bei 83,7% (Vorjahr 85,6%). Die Herkunft der stationären Patientinnen und Patienten hat sich nur leicht verändert: Der Anteil des Kantons Basel-Landschaft betrug 41% (Vorjahr 39%), derjenige des Kantons Basel-Stadt 32% (Vorjahr 34%). Der Anteil der Patientinnen und Patienten, welche ausserhalb der beiden Trägerkantone ihren Wohnsitz haben, betrug unverändert 27%.