Die Zusammenarbeit der Medizinischen Fakultäten und der Universitätsspitäler von Basel und Bern ist auf verschiedenen Gebieten etabliert. So werden bei vakanten Professuren Nachfolgeregelungen koordiniert getroffen, in verschiedenen Bereichen von Lehre und Dienstleistung bestehen Absprachen über Aufgabenteilung und Zusammenarbeit. Zudem tritt die Herzchirurgie als Kooperationsbereich von strategischer Bedeutung künftig als Herzchirurgie Basel-Bern auf, und im Herbst 2008 wird die gemeinsame Neurochirurgie Basel-Bern ihren Betrieb aufnehmen.

Diese medizinische Zusammenarbeit zwischen Bern und Basel ist mit einem Vertrag von 2004 geregelt. Eine neue Kooperationsvereinbarung löst diesen Vertrag nun ab. Die Trägerschaften der Universitäten und Universitätsspitäler in Basel und Bern etablieren damit eine institutionalisierte Zusammenarbeit. Die Allianz bezweckt die Stärkung der beiden Standorte im Rahmen der gesamtschweizerischen Bestrebungen um Kooperation und Konzentration in der hochspezialisierten Medizin. Diese Stärkung erfolgt durch die Koordination von Lehrangeboten und Tätigkeitsfeldern (Programmen), die Optimierung des Mitteleinsatzes in der Dienstleistung sowie die Kooperation im Management. Der Beitritt des Universitäts-Kinderspitals beider Basel (UKBB) wird die Zusammenarbeit im Bereich Pädiatrie erleichtern. Der Kanton Basel-Landschaft, Mitträger des UKBB und seit 2007 auch der Universität Basel, wird das politische Gewicht der Allianz erhöhen.

Die Steuerung der Allianz ist einem Allianzrat übertragen, der sich aus den Gesundheits- und Erziehungsdirektoren der drei Kantone, den beiden Universitätsrektoren und den Präsidentinnen und Präsidenten der Leitungsgremien von Universität Basel, Inselspital Bern und UKBB zusammensetzt. Er ist für die strategische Ausrichtung zuständig und bestimmt namentlich die Kooperationsbereiche. Das Exekutivkomitee, dem die Vertretungen der Universitätsspitäler und der Medizinischen Fakultäten angehören, steuert die Tätigkeiten in den definierten Kooperationsbereichen. Die operative Führung der einzelnen Kooperationsbereiche ist den Klinikleitungen an den beiden Standorten übertragen, wobei diese entweder einem Vorsteher (Einerleitung wie z.B. in der Herzchirurgie) oder einem Vorstand (Co-Leitung wie voraussichtlich in der Neurochirurgie) unterstehen. Das jeweilige Führungsmodell wird vom Allianzrat bestimmt.

Kooperationsbereich Herzchirurgie
Konkretes Ergebnis der Zusammenarbeit zwischen den medizinischen Zentren Basel und Bern ist die gemeinsame Herzchirurgie, die am 1. April 2008 ihren Betrieb aufgenommen hat. Vorsteher dieses Kooperationsbereichs ist Prof. Thierry Carrel. Er leitet, koordiniert und repräsentiert den Kooperationsbereich. Ihm unterstehen die beiden Standortleitungen, denen die operative Führung des jeweiligen Standortes obliegt. Die Standortleitung Basel hat am 1. April 2008 der von Bern herkommende Prof. Friedrich S. Eckstein übernommen. In Bern ist Prof. Carrel Standortleiter. Der Kooperationsbereich ist beauftragt, in Lehre, Forschung und Dienstleistung abgrenzbare Programme (Schwerpunkte) zu definieren, die jeweils einem oder beiden Standorten zugeordnet werden. Für die Programme werden gemeinsame Standards gelten, damit die Herzchirurgie nach innen und aussen als Einheit wahrgenommen wird.