Laut Staatsvertrag zwischen den Kantonen Aargau, Basel-Landschaft, Basel-Stadt und Solothurn über die FHNW obliegt dem Fachhochschulrat die strategische Führung der Hochschule. Er besteht aus neun bis 13 Persönlichkeiten aus den Bereichen Gesellschaft, Bildung und Wissenschaft, Wirtschaft und Kultur.

Die Regierungen der vier Trägerkantone wählen den Fachhochschulrat jeweils für eine Amtsperiode, welche der Dauer einer Leistungsauftragsperiode entspricht. Die Amtszeit des aktuellen Fachhochschulrats endet per 31. Dezember 2024.

Aufgrund des Rücktritts von Alex Naef und des Entscheids der Trägerkantone, den Fachhochschulrat vorübergehend zu vergrössern, werden in der kommenden Leistungsauftragsperiode 2025 bis 2028 vier Persönlichkeiten mit den Kompetenzprofilen Finanzen, Kultur, Wissenschaft und Unternehmertum neu im Fachhochschulrat Einsitz nehmen. Es handelt sich um Anna-Maria Bild, Senior Chief Risk Officer Baloise Group, Annette Schönholzer, Organisationsberaterin und Coach von Führungskräften im Kulturbereich, Christian Rüegg, Direktor des Paul Scherrer Instituts sowie Philippe Ramseier, Gründer und Verwaltungsrat der Autexis Gruppe.

Die Suche erfolgte mittels öffentlicher Ausschreibung und wurde durch ein Executive Search-Büro begleitet.

Die Wahl des künftigen Präsidenten Markus Jordi wurde mit Regierungsbeschlüssen vom 5. und 11. Juni 2024 der Gesamtwahl des Fachhochschulrates für die Leistungsauftragsperiode 2025 bis 2028 vorgezogen. Dies ermöglichte den Einbezug des Präsidenten in die Auswahl der neuen Mitglieder. Die bisherigen Mitglieder wurden für die Amtsdauer 2025 bis 2028 wiedergewählt.