Der Pendlerfonds verfügt über ein Anfangskapital von 2 Mio. CHF; langfristig ist mit jährlichen Einnahmen von etwa 2 bis 3 Mio. CHF aus den Einnahmen der Pendler- und Besucherparkkarten zu rechnen. Diese Mittel dienen insbesondere der Förderung von Park-and-Ride- und Bike-and-Ride-Anlagen, von Quartierparkings und der Anschubfinanzierung von neuen ÖV-Angeboten, die im Zusammenhang mit Park-and-Ride-Anlagen stehen oder die hauptsächlich dem Pendlerverkehr dienen. Der Kanton Basel-Stadt ruft alle interessierten privaten oder öffentlichrechtlichen Projektträger innerhalb oder ausserhalb des Kantons auf, sich für Beiträge aus diesem Fonds zu bewerben.

Die ersten Anträge können ab sofort bis spätestens 31. März 2013 beim Amt für Mobilität eingereicht werden, der zweite "jährliche" Stichtag ist der 30. September. Das Amt für Mobilität hat auf seiner Website ein Formular und weitergehende Erläuterungen bereitgestellt und steht auch für grundsätzliche Rückfragen zur Antragstellung zur Verfügung.

Um mit den verfügbaren Mitteln eine möglichst grosse Wirkung zu erzielen, werden aus dem Pendlerfonds in erster Linie mittlere und kleine Projekte unterstützt. Die Beiträge sollen in der Regel 2 Mio. CHF nicht übersteigen und sind für ausserkantonale Projekte auf höchstens 50% der Gesamtkosten beschränkt. Die Beitragshöhe bemisst sich am Nutzen für den Kanton Basel-Stadt. Allgemeine Verkehrsstudien sowie der Unterhalt und die Sanierung bestehender Angebote sind von einer Beitragsvergabe ausgenommen.

Ein Pendlerfondsrat schlägt dem Regierungsrat vor, welche der eingereichten Projekte einen Beitrag aus dem Fonds erhalten sollen und welche Höhe dieser Förderbeitrag aufweisen soll. Die Mitglieder des Pendlerfondsrats, in dem die trinationale Region angemessen berücksichtigt wird, werden von der Basler Regierung gewählt. Den Vorsitz im Fondsrat hat der Vorsteher des Bau- und Verkehrsdepartements.

Die Rechtgrundlage des Pendlerfonds bildet das Umweltschutzgesetz und die Pendlerfondsverordnung, die der Regierungsrat am 18. Dezember 2012 gutgeheissen hat. Die Pendlerfondsverordnung regelt die administrativen Details der Beitragsgesuche und der Beitragsvergabe.