Anlässlich der feierlichen Einweihung am Freitag, 12. August 2016 pflanzte Regierungsrat Hans-Peter Wessels, Vorsteher des Bau- und Verkehrsdepartements Basel-Stadt zusammen mit dem Schulleiter Götz Arlt symbolisch den ersten Baum im Innenhof der Schule, der wie das Wissen der Schulkinder wachsen und gedeihen soll. Das neue Schulhaus Sandgruben liegt auf dem bestehenden Schulareal «Sandgruben» nahe dem Badischen Bahnhof. Zusammen mit dem alten Schulhaus Sandgruben und dem Ersatzneubau des Kindergartens umfasst das windmühlenförmige Schulhaus einen weitläufigen, zukünftig von Bäumen beschatteten Schulhof. Der Regelunterricht findet hier nicht mehr in konventionellen Klassenzimmern, sondern in Lernateliers statt, die die Umsetzung unterschiedlichster Unterrichts- und Lernmodelle erlauben. Die Klassen sind alters- und niveaudurchmischt.

Baubeginn für das Schulhaus war im April 2014. Für das neue Schulhaus investiert der Kanton Basel-Stadt rund 62 Millionen Franken. Nach einer ersten Redimensionierung des Projekts wurde der Bau termin- und kostengerecht fertiggestellt. Das Schulhaus bietet auf 15‘000 m2 Platz für 27 Sekundarklassen. Der in einem Architekturwettbewerb von Stücheli Architekten erarbeitete Bau ist aufgeteilt in einen Spezialtrakt, den Klassentrakt und die Dreifachturnhalle. Das Areal beherbergt zudem einen Kindergarten. Das Gebäude erfüllt hohe energetische und ökologische Standards. Seit dem Bau der Schulanlage Bäumlihof ist das Schulhaus Sandgruben der grösste Schulhausneubau in Basel.

Das Schulhaus Sandgruben ist Teil des umfangreichen Bau- und Sanierungsprogrammes, das im Jahr 2012 lanciert worden ist, um den Anforderungen von HarmoS und dem Bevölkerungswachstum in Basel-Stadt nachzukommen. Mit dem Programm werden an insgesamt 49 Schulstandorten Umbauten, Erweiterungen oder Anpassungen realisiert und drei Schulhäuser neu gebaut: Neben der Sekundarschule Sandgruben sind das die Primarschulen Erlenmatt und Schoren.