Der Staatsvertrag über die Fachhochschule Nordwestschweiz (FHNW) sieht vor, dass die Hochschule für Musik und die Schola Cantorum Basiliensis-Hochschule für Alte Musik der Musik-Akademie Basel-Stadt auf das Jahr 2008 in die FHNW integriert werden. Die FHNW gewinnt mit der vorgesehenen Integrationslösung eine herausragende, international hoch angesehene Institution hinzu und verfügt damit über insgesamt neun Hochschulen. Die Integration erfolgt auf der Basis eines Kooperationsvertrages zwischen der FHNW und der Musik-Akademie der Stadt Basel. Der Kooperationsvertrag wird dem Umstand gerecht, dass die Musikhochschulen von einer privaten Stiftung getragen werden. Er ermöglicht auch, die Hochschulen der Akademie in die FHNW einzugliedern und gleichzeitig die Berufs- und Laienausbildung unter dem gemeinsamen Dach der Musik-Akademie zu belassen. Für die Führungsstrukturen heisst dies, dass der Rektor der Musik-Akademie wie bislang dem Akademierat unterstellt bleibt, in seiner neuen Funktion als Delegierter der Musikhochschulen aber gleichzeitig ein Mitglied der FHNW-Direktion wird. Damit soll gewährleistet werden, dass das Erfolgsrezept der Musik-Akademie - die räumliche, organisatorische und juristische Einheit von Berufs- und Laienausbildung – bestehen bleiben kann.

Wie bereits in der Parlamentsvorlage von 2005 betreffend Gründung der FHNW festgelegt, wird der Trägerbeitrag der Kantone ab 2008 anlässlich der Integration der Musikhochschulen in die FHNW um CHF 8.6 Mio. erhöht. Für die Kantone Aargau und Solothurn, die im Gegensatz zum Kanton Basel-Landschaft noch nicht in die Trägerschaft der Musik-Akademie involviert sind, bedeutet die Integration der Musikhochschulen in die FHNW eine signifikante Mehrbelastung. Wie ebenfalls bereits im Staatsvertrag von 2005 festgehalten, setzt der Kanton Basel-Stadt deshalb Teile seiner Entlastung dafür ein, die Mehrbelastung der Kantone Aargau und Solothurn in den Jahren 2008 bis 2011 um insgesamt CHF 3.8 Mio. abzumildern.