Die Leitungspersonen der künftigen Primar- und Sekundarschulen der harmonisierten Schullandschaft sowie der Spezialangebote sind gewählt. 34 Schulleiterinnen und 31 Schulleiter erhalten einen unbefristeten Vertrag. Die Kandidatinnen und Kandidaten mussten sich einem umfangreichen Bewerbungsverfahren unterziehen. Insgesamt hat die Volksschulleitung 120 Bewerbungsgespräche geführt. Zudem wurden Vertretungen aus der Lehrerschaft sowie der Schulratspräsidien angehört.

Viele der jetzt definitiv gewählten Personen amtieren bereits heute als Schulleiterinnen oder Schulleiter. Ihre Anstellung war aber zunächst befristet, weil die Schulen im Zuge der Schulharmonisierung ab 2013 neu organisiert werden. Zu den Aufgaben der Schulleitung gehört unter anderem die Teambildung und Personalführung der Aufbau und die teilautonome Entwicklung der neuen Schule und ihres pädagogischen Programms sowie die Betriebsleitung. Für die Rahmenbedingungen und die Entwicklung der Volksschule als Ganzes ist die Volksschulleitung zuständig.

In der Regel werden die neuen Schulen von einem Zweierteam geleitet. In kleinen Schulen wird nur eine Person eingesetzt, in sehr grossen amtiert eine Dreierleitung. Schulleiterinnen und Schulleiter haben eine anspruchsvolle Führungsaufgabe. Sie unterrichten in der Regel auch selber, aber nur mit einem kleinen Pensum. Der Zeitanteil für die professionelle Schulleitung beträgt 80 Prozent.
Seit Beginn des laufenden Schuljahres haben alle Schulstandorte im Kanton Basel-Stadt eigene Schulleitungen. Die Orientierungsschulen und die Weiterbildungsschulen werden bereits seit gut zwei Jahren teilautonom geleitet.