Bei der Untersuchung von Signal- und Kamberkrebsen im Rhein, der Wiese und im Birsig wurde die Krebspest nachgewiesen. Der Durchseuchungsgrad ist hoch, klinische Fälle wurden bislang aber noch keine beobachtet. Signal- wie Kamberkrebse stammen ursprünglich aus Nordamerika und sind Träger des Pilzes, ohne selber daran zu erkranken. Sie werden als invasive Arten (Neozoen) seit 2009 durch den Kanton Basel-Stadt bekämpft. Übertragungen des Pilzes sind nebst der Entnahme oder dem Einsetzen von Krebsen diverser Gewässer auch mit Fischen aus mit Krebspest verseuchten Gebieten oder erregerhaltigen Geräten (Stiefel, Kleider, Netze usw.) möglich. Deshalb gilt ein striktes Entnahme- bzw. Einbringverbot von Krebsen in sämtlichen Gewässern auf Kantonsgebiet.

Klinisch erkrankte Krebse sind auffallend matt, der Panzer zeigt Zerfallserscheinungen. Aus dem Wasser gehobene Tiere lassen ihre Scheren hängen und zeigen keine Abwehr. Erkrankte Tiere sind auch bei Tag im Gewässer sichtbar. Häufig fehlen auch ganze Gliedmassen oder Teile davon.

Bei Feststellung der Krebspest verfügt der Kantonstierarzt gemäss der eidgenössischen Tierseuchenverordnung ein Sperrgebiet. Folglich gelten im Rhein, der Wiese sowie dem Unterlauf des Birsig spezielle Bekämpfungsmassnahmen. Es ist demnach verboten, lebende Krebse ins Sperrgebiet noch aus diesem zu verbringen. Andererseits dürfen Fischer ihre Angelruten, Stiefel und andere Utensilien in und an anderen Gewässern nur verwenden, wenn diese vorher desinfiziert worden sind.

Die Bekämpfungsmassnahmen erfolgen in Absprache mit dem kantonalen Fischerei-Aufseher. Pächter an der Wiese und Birs werden mittels Verfügung direkt beziehungsweise Rheinfischer und Besitzer von Privatfischenzen via Amtsblatt über die zu treffenden Massnahmen informiert. An den Bekämpfungsmassnahmen ist aufgrund des Flussverlaufes des Birsig auch der Kanton Basel-Landschaft mitbeteiligt.