Seit 2007 ist Hunziker in verschiedenen Funktionen als Offizier bei der Kantonspolizei Basel-Stadt tätig. Nach dem Aufbau der Führungsunterstützung leitete er interimistisch die Abteilungen Logistik und Operationen. Zuletzt führte er den Einsatzzug (Einsatzelement Brennpunkte) und war stellvertretender Leiter der Abteilung Spezialformationen im Range eines Hauptmanns. Markus Hunziker ist studierter Elektroingenieur und hat sich in den vergangenen Jahren unter anderem in Betriebswirtschaft und Management weitergebildet.

Die neue Abteilung Einsatzunterstützung erarbeitet unter anderem die Einsatzkonzepte der Rettung unter Einbezug unterschiedlicher Anspruchsgruppen, plant die Einsätze der Rettung in Absprache und stellt die komplette Dienstleistung der Einsatzzentralen sicher. Ein grosses Projekt, das Markus Hunziker in den nächsten Monaten verantworten wird, ist die inzwischen vom Grossen Rat gutgeheissene Zusammenführung der beiden Einsatzzentralen der Sanität Basel und der Berufsfeuerwehr Basel. Die neue Zentrale der Rettung Basel-Stadt soll bis Anfang 2022 im Einsatz sein. Sie ist Teil der Zwei-Zentralen-Strategie der Basler Blaulichtorganisationen.