Als Lebensmittelbetriebe gelten klassische Verpflegungsbetriebe (Restaurants, Take-aways, Kantinen) sowie Gewerbe-, Handels- und Industriebetriebe (Quartierläden, Metzgereien, Lebensmittelherstellerbetriebe). Sie werden meist ohne vorherige Ankündigung auf die Einhaltung der geltenden lebensmittelrechtlichen Vorschriften überprüft. Dabei werden beispielsweise Prozesse, Unterlagen, Hygiene, Einrichtungen, Lebensmittel sowie Temperaturen beurteilt. Entsprechend dem Ergebnis der Kontrolle und der Gewichtung des Betriebs wird eine Risikostufe zugeteilt. Diese definiert, wie häufig der Betrieb kontrolliert wird. So werden Betriebe, die mit der Hygiene Mühe haben, oder solche, die z.B. sensible Bevölkerungsgruppen bedienen wie Altersheime und Spitäler, häufiger kontrolliert. Darüber hinaus werden anlässlich der Kontrollen Proben von genussfertig zubereiteten Speisen erhoben. Die mikrobiologische Untersuchung dieser Proben gibt Aufschluss darüber, ob die Betriebe in ihren Küchen die Regeln der guten Verfahrenspraxis, insbesondere der guten Hygienepraxis, einhalten.

Im Jahr 2025 hat das Kantonale Laboratorium bei 1112 der total 1344 durchgeführten Kontrollen Mängel festgestellt und beanstandet. Bei 400 Kontrollen konnte trotz Beanstandungen auf eine Gebührenerhebung verzichtet werden, da es sich um einzelne erstmalige und geringfügige Mängel handelte. Bei wenigen Kontrollen mussten ausserordentliche Massnahmen ergriffen werden, um Gesundheitsgefährdungen umgehend abzuwenden. Ein Restaurant musste wegen mehrerer Missstände gleich zweimal komplett geschlossen werden. Darüber hinaus hat das Kantonale Laboratorium in 17 Fällen die Nutzung eines Geräts, der gesamten Küche oder das Anwenden eines Herstellungsverfahrens verboten, da die hygienischen Zustände eine weitere Nutzung nicht zuliessen. 

In 24 % der untersuchten Proben (210 von insgesamt 862 Proben) wurde der mikrobiologische Richtwert zur guten Hygienepraxis für einen oder mehrere Parameter überschritten. Die höchste Beanstandungsquote wiesen Fleischerzeugnisse, Gemüse und Teigwaren auf. Da jedoch die Auswahl der untersuchten Betriebe und Produkte nicht zufällig, sondern risikobasiert erfolgte, ist prinzipiell eine hohe Beanstandungsquote zu erwarten. Trotz der hohen Beanstandungsquote sind die Konsumentinnen und Konsumenten keiner direkten gesundheitlichen Beeinträchtigung ausgesetzt. Zusätzlich wurden 185 der 862 Proben risikobasiert auf das pathogene Bakterium Listeria monocytogenes untersucht. Das gefährliche Bakterium konnte in keiner Probe nachgewiesen werden.

Die Anzahl der kontrollierten Betriebe mit Mängeln, die hohe Beanstandungsquote bei den untersuchten Speisen sowie die Risikoklassifizierungen verdeutlichen die Bedeutung von Kontrollen mit einer dem Risiko entsprechenden Häufigkeit. Im Vergleich zum Vorjahr ist die Gesamtzahl der Betriebe mit einem erheblichen oder hohen Risiko leicht gestiegen. Dies könnte daran liegen, dass erstmals mehr Betriebe überprüft wurden. Der Anteil ungenügend bewerteter Betriebe bleibt jedoch gering, was auf ein insgesamt gutes Niveau der Lebensmittelsicherheit im Kanton Basel-Stadt schliessen lässt.

Die Veröffentlichung von Betriebsnamen und deren Resultaten durch das Kantonale Laboratorium ist aufgrund der Datenschutzbestimmungen des Lebensmittelrechts nicht gestattet.